использование неинициализированного значения $ line в строке ne

Причина, по которой вы видите эти ошибки, заключается в том, что переменная $line содержит undef. Причина, по которой он содержит undef, заключается в том, что вы присвоили ему значение из readline() (<file1>) после файл подошел к концу eof. Это описано в perldoc -f readline:

В скалярном контексте каждый вызов считывает и возвращает следующую строку до тех пор, пока не будет достигнут конец файла, после чего последующий вызов возвращает «undef».

Причина, по которой вы сталкиваетесь с этой ошибкой, заключается в том, что вы не используете традиционный метод чтения файла. Обычно вы делаете это, чтобы прочитать файл:

while (<$fh>) {
    ...
}

Это будет перебирать все строки в файле, пока не достигнет конца файла, после чего, как вы теперь знаете, readline возвращает undef, а цикл while завершается.

Это также означает, что вам не нужно проверять каждую вторую строку, определено ли $line или пусто. Более того, вы можете объединить свои регулярные выражения в одно и, как правило, удалить много избыточного кода:

while (<>) {
    if (/\b(?:region|vth)\b/i) {
        print;
    }
}

Это основная функциональность, которая вам нужна, и здесь я использую некоторые идиомы Perl: оператор «ромб» <> будет читать из имен файлов, которые вы передаете сценарию в качестве аргумента, или из STDIN, если аргументы не указаны. Многие встроенные функции используют переменную $_ по умолчанию, если не указан аргумент, что и делает print, и условие цикла while.

Вы также можете заметить, что я использую границу слов \b вместо пробелов \s в регулярном выражении, а также использую чередование | с скобками без фиксации (?:...), что означает, что оно может соответствовать одной из этих строк.

С помощью этого упрощенного сценария вы можете:

perl script.pl match.txt > output.txt

Чтобы указать имена ваших файлов.

Если вы ничего не можете прочитать, ваша строка вернется неопределенной ... вот почему вы видите это сообщение.

Кроме того, возможно, лучше проверить, что вы сначала открываете входной файл, прежде чем создавать выходной файл, так что что-то вроде этого:

open(INFILE,  "<match.txt")  or die "Cannot open input file";
open(OUTFILE, ">output.txt") or die "cannot open output file";

my $line;
while($line = <INFILE>){
    ...
}

Perl завершит цикл, если $ line не определено или пустая строка.

На первый взгляд кажется, что вы пытаетесь просмотреть файл соответствия и распечатать все строки, которые соответствуют region или vth на output.txt.

Для этого я упростил вам код:

use strict;
use warnings;

open(my $out_fh, ">", "output.txt") || die ("Cannot open file.\n");
open(my $file1, "<", "match.txt") || die ("Cannot open file.\n");

while( <$file1> ) {
    if ( /\s(region|vth)\s/i) {
        print $out_fh $_;
    }
}

В этом вопросе более подробно рассматривается проверка того, определена ли переменная или пуста: Как в Perl кратко проверить, определена ли переменная $ и содержит ли она строку ненулевой длины?

Дополнительная информация об открытии файлов: Как лучше всего открыть и прочитать файл в Perl?