Доктор Вероника Эспиноза / Twitter @Verukita1

Что я могу сделать с плагином Groups by Partition для Gephi?

Этот плагин создает граф, в котором каждый узел является агрегацией группы узлов (предыдущей рабочей области) с использованием цветов, присвоенных узлам [1].

Что мы рассмотрим в этом рассказе?

В этой статье я расскажу, как я использовал плагин Группы по разделам [1] для Gephi [2,3], и какие шаги я предпринимаю для создания сети такого типа.

Сначала загрузите плагин Groups By Partition здесь

Шаг 1.
Загрузите выбранный файл в инструмент Gephi и работайте с сетью как обычно. В этом примере я загрузил файл Википедии, данные которого были извлечены с помощью инструмента NodeXL. Запрос был «Нейронаука», уровень 2.0.

В Gephi я работал с этим файлом со следующими параметрами:

  1. -Статистика › Обнаружение сообщества › Модульность.
  2. Внешний вид › Узлы › Цвет раздела › Класс модульности.
  3. Внешний вид › Узлы › Размер рейтинга › Степень.
  4. Внешний вид › Узлы › Метка рейтинга › Степень.
  5. Макет › Force Atlas 2 › Stronger Gravity › Масштабирование 3.0.

Теперь загрузите сеть как «исходную сеть», прежде чем применять плагин «Группы по разделам». В этом примере я загрузил сеть в формате PNG, как показано ниже.

Шаг 2.Откройте подключаемый модуль Группы по разделам, как показано ниже:Инструменты › Создание групп по разделам.

Шаг 3.Нажмите кнопку «Создать», чтобы создать новое рабочее место.

Шаг 4.Как видите, каждый узел добавлен в группу узлов.

Шаг 5.Теперь вы можете применить другой макет, чтобы группы были лучше распределены, для меня хорошо работает применение Фрухтермана-Рейнгольда layout и увеличьте значение параметра области, как показано на следующем рисунке. Вы также можете снова настроить размер узлов и меток в разделе внешний вид, пока не будете удовлетворены Результаты.

Другие параметры, которые я рекомендую вам настроить для лучшей визуализации вашей сети:

· Несовпадение.

· Настройка ярлыка.

· Расширение.

*Эти параметры находятся в разделе Макет.

Шаг 6.Просмотрите свою сеть в разделе предварительного просмотра и внесите последние изменения, если считаете это необходимым.

Шаг 7.Когда вы довольны результатами, экспортируйте свою сеть в выбранный вами формат (SVG/PDF/PNG).

Заключительные комментарии

В этой статье я поделился своим опытом использования подключаемого модуля Группы по разделам для Gephi,но вы можете «играть» с другими параметрами или применять другие макеты, пока не будете готовы. довольны вашими результатами.

Я думаю, что этот плагин может быть очень полезен, когда у нас есть сети с большим количеством узлов и ребер. Применив этот плагин, мы получим визуализацию, которая поможет нам выделить наиболее важные группы в нашем исследовании.

Я надеюсь, что этот интересный плагин окажется для вас полезным и вы сможете применить его в своих исследовательских проектах.

👍Спасибо, что прочитали эту историю.

😃Мой Твиттер

Ресурсы

🌐 Группа для раздела плагин

📄 Исходный код

📥Скачать Gephiздесь

🎓Моя История Гефи на Medium

ССЫЛКИ

  1. Плагин групп по разделам [Интернет]. [цитировано 6 февраля 2023 г.]. Доступно по адресу: https://gephi.org/plugins/#/plugin/group-partition-gephi-plugin
  2. Gephi — платформа Open Graph Viz [Интернет]. [цитировано 31 января 2023 г.]. Доступно по адресу: https://gephi.org/
  3. Бастиан М., Хейманн С., Джакоми М. (2009). Gephi: программное обеспечение с открытым исходным кодом для изучения сетей и управления ими. Международная конференция AAAI по блогам и социальным сетям.