Доктор Вероника Эспиноза / Twitter @Verukita1
Что я могу сделать с плагином Groups by Partition для Gephi?
Этот плагин создает граф, в котором каждый узел является агрегацией группы узлов (предыдущей рабочей области) с использованием цветов, присвоенных узлам [1].
Что мы рассмотрим в этом рассказе?
В этой статье я расскажу, как я использовал плагин Группы по разделам [1] для Gephi [2,3], и какие шаги я предпринимаю для создания сети такого типа.
Сначала загрузите плагин Groups By Partition здесь
Шаг 1.
Загрузите выбранный файл в инструмент Gephi и работайте с сетью как обычно. В этом примере я загрузил файл Википедии, данные которого были извлечены с помощью инструмента NodeXL. Запрос был «Нейронаука», уровень 2.0.
В Gephi я работал с этим файлом со следующими параметрами:
- -Статистика › Обнаружение сообщества › Модульность.
- Внешний вид › Узлы › Цвет раздела › Класс модульности.
- Внешний вид › Узлы › Размер рейтинга › Степень.
- Внешний вид › Узлы › Метка рейтинга › Степень.
- Макет › Force Atlas 2 › Stronger Gravity › Масштабирование 3.0.
Теперь загрузите сеть как «исходную сеть», прежде чем применять плагин «Группы по разделам». В этом примере я загрузил сеть в формате PNG, как показано ниже.
Шаг 2.Откройте подключаемый модуль Группы по разделам, как показано ниже:Инструменты › Создание групп по разделам.
Шаг 3.Нажмите кнопку «Создать», чтобы создать новое рабочее место.
Шаг 4.Как видите, каждый узел добавлен в группу узлов.
Шаг 5.Теперь вы можете применить другой макет, чтобы группы были лучше распределены, для меня хорошо работает применение Фрухтермана-Рейнгольда layout и увеличьте значение параметра области, как показано на следующем рисунке. Вы также можете снова настроить размер узлов и меток в разделе внешний вид, пока не будете удовлетворены Результаты.
Другие параметры, которые я рекомендую вам настроить для лучшей визуализации вашей сети:
· Несовпадение.
· Настройка ярлыка.
· Расширение.
*Эти параметры находятся в разделе Макет.
Шаг 6.Просмотрите свою сеть в разделе предварительного просмотра и внесите последние изменения, если считаете это необходимым.
Шаг 7.Когда вы довольны результатами, экспортируйте свою сеть в выбранный вами формат (SVG/PDF/PNG).
Заключительные комментарии
В этой статье я поделился своим опытом использования подключаемого модуля Группы по разделам для Gephi,но вы можете «играть» с другими параметрами или применять другие макеты, пока не будете готовы. довольны вашими результатами.
Я думаю, что этот плагин может быть очень полезен, когда у нас есть сети с большим количеством узлов и ребер. Применив этот плагин, мы получим визуализацию, которая поможет нам выделить наиболее важные группы в нашем исследовании.
Я надеюсь, что этот интересный плагин окажется для вас полезным и вы сможете применить его в своих исследовательских проектах.
👍Спасибо, что прочитали эту историю.
😃Мой Твиттер
Ресурсы
📥Скачать Gephiздесь
ССЫЛКИ
- Плагин групп по разделам [Интернет]. [цитировано 6 февраля 2023 г.]. Доступно по адресу: https://gephi.org/plugins/#/plugin/group-partition-gephi-plugin
- Gephi — платформа Open Graph Viz [Интернет]. [цитировано 31 января 2023 г.]. Доступно по адресу: https://gephi.org/
- Бастиан М., Хейманн С., Джакоми М. (2009). Gephi: программное обеспечение с открытым исходным кодом для изучения сетей и управления ими. Международная конференция AAAI по блогам и социальным сетям.