Как установить главную страницу динамически?

void Page_PreInit(Object sender, EventArgs e)
{
    this.MasterPageFile = "~/MyMaster.master";
}

Объяснение: Вы можете динамически прикрепить эталонную страницу к странице с содержанием. Поскольку главная страница и страница содержимого объединяются на этапе инициализации обработки страницы, главная страница должна быть назначена до этого. Как правило, вы назначаете главную страницу динамически на этапе PreInit.

Обратите внимание на эту статью в MSDN:

http://msdn.microsoft.com/en-us/library/c8y19k6h.aspx

void Page_PreInit(Object sender, EventArgs e)
{
    this.MasterPageFile = "~/NewMaster.master";
}

Вы можете, установив MasterPageFile свойство Страницы. Однако это вызовет InvalidOperationException, если он вызывается после PreInit. Взгляните на жизненный цикл страницы ASP.NET

Свойство MasterPageFile можно установить только в событии PreInit; попытка установить свойство MasterPageFile после события PreInit вызовет исключение InvalidOperationException. Если свойство MasterPageFile недопустимо, на более позднем этапе жизненного цикла страницы создается исключение типа HttpException, но при установке свойства в событии PreInit исключение не возникает.