Я использую phpseclib, Net_SSH2.
Мне нужно получить идентификатор процесса сервера/процесса, запущенного этой командой.
echo $ssh->exec('java -Xmx256M -Xms32M -jar minecraft_server.jar nogui');
Это так, что я могу сохранить его и иметь возможность убить его с помощью PHP-скрипта в любое время.