заставить Blast поиск занять больше времени

я имею в виду эту ссылку: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK52637/ , чтобы попробовать быстрый поиск на одной машине. Я скачал приложение blast и базу данных refseq_rna blast с веб-сайта NCBI. Взрывной поиск занимает всего несколько секунд, чтобы получить результат. Я хочу спросить, есть ли какой-либо способ, который может увеличить время поиска совпадающей последовательности в базе данных взрывных работ?


database search cloud blast
person bridgecarter    schedule 26.10.2012    source источник

Ответы (2)


arrow_upward
0
arrow_downward

BLAST — это эвристика, она разработана, чтобы работать очень быстро. Кроме того, некоторые результаты интерфейса NCBI предварительно вычисляются. Я не могу себе представить, почему вы хотите, чтобы этот процесс занял больше времени, но вы можете попробовать запустить алгоритм выравнивания Смита-Уотермана, он найдет действительно оптимальные совпадения и займет гораздо больше времени, чем BLAST в большой базе данных.

person blmoore    schedule 14.11.2012

arrow_upward
0
arrow_downward

Возможно, вы могли бы сказать нам, почему вы хотите замедлить его!?

Но что бы это ни стоило, уменьшите размер слова, используя опцию -W.

person user1717259    schedule 10.01.2014