Раздел «DbProviderFactories» может отображаться только один раз для каждого файла конфигурации.

Возможно, вы могли бы создать записи web.config, которые переопределяют любые настройки на уровне машины, которые вы хотите изменить.

Описано здесь:

Переопределить machine.config с помощью web.config

Помещение инструкции <clear /> внутри тегов DbProviderFactories в веб-конфигурации, чтобы очистить, а затем переопределить повторяющиеся записи, сделанные в конфигурации машины. Таким образом, обходим ошибку в файле machine.config.

Установка поставщика IBM DB2 .NET приводит к созданию пустого DbProviderFactories, см. ниже. Просто удалите вторую пустую запись DbProviderFactories

<system.data>
    <DbProviderFactories>
        <add name="IBM DB2 for i .NET Provider" invariant="IBM.Data.DB2.iSeries" description=".NET Framework Data Provider for IBM i" type="IBM.Data.DB2.iSeries.iDB2Factory, IBM.Data.DB2.iSeries, Version=12.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=9cdb2ebfb1f93a26" />
    </DbProviderFactories>
    <DbProviderFactories />
</system.data>

Вам необходимо обновить файл Machine.config, расположенный по указанным ниже путям.

• C:\Windows\Microsoft.NET\Framework\v2.0.50727\CONFIG\Machine.Config
• C:\Windows\Microsoft.NET\Framework\v4.0.30319\Config\Machine.Config

Для 64-битных машин Machine.config будет находиться в ...\Framework64\...

Блок, на который стоит обратить внимание:

<system.data>
    <DbProviderFactories>
        <add name="IBM DB2 for i5/OS .NET Provider" invariant="IBM.Data.DB2.iSeries" description=".NET Framework Data Provider for i5/OS" type="IBM.Data.DB2.iSeries.iDB2Factory, IBM.Data.DB2.iSeries, Version=12.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=9cdb2ebfb1f93a26"/>
        <add name="Microsoft SQL Server Compact Data Provider" invariant="System.Data.SqlServerCe.3.5" description=".NET Framework Data Provider for Microsoft SQL Server Compact" type="System.Data.SqlServerCe.SqlCeProviderFactory, System.Data.SqlServerCe, Version=3.5.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=89845dcd8080cc91"/>
        </DbProviderFactories>
<!-- This is the line to remove - empty element --><DbProviderFactories/>
</system.data>

Поскольку @yonsk уже упоминал, почему возникает эта проблема (повторяющаяся запись), вы можете создать консольное приложение, которое может исправить файл machine.config, а затем вызывать это консольное приложение из установщика вашего приложения или из вашего приложения всякий раз, когда вы получаете Исключение. Следующий код можно использовать для консольного приложения, которое исправит файл machine.config.

class Program
    {
        static void Main()
        {
            string machineConfigFilePath = RuntimeEnvironment.SystemConfigurationFile;

            XDocument xdoc = XDocument.Load(machineConfigFilePath);

            XElement[] elements = xdoc.XPathSelectElements("//configuration/system.data/DbProviderFactories").ToArray();

            if (elements.Any())
            {
                foreach (XElement anElement in elements)
                {
                    if (!anElement.HasElements)
                        anElement.Remove();
                }
            }

            xdoc.Save(machineConfigFilePath);
        }
    }

Если вы хотите вызвать консольное приложение из своего приложения, вам нужно будет вызвать его как администратора. Таким образом, следующий фрагмент может помочь вызвать это консольное приложение в качестве администратора (пользователю будет предложено принять диалоговое окно..)

 try
            {
                Process process = Process.Start(new ProcessStartInfo
                {
                    Verb = "runas",
                    FileName = "/Path/to/the/console/application",
                    UseShellExecute = true,
                    CreateNoWindow = true,

                });
                process.WaitForExit();
                int exitCode = process.ExitCode;
            }
            catch (Exception ex)
            {

            }