Поиск определенных примитивов в двоичном файле

Возможно, решение вашей проблемы заключается в понимании разницы между этими двумя страницами документа:

http://www.mathworks.com/help/matlab/ref/fread.html http://www.cplusplus.com/reference/cstdio/fread/

#include <stdio.h>

int main() {
  const size_t NumElements = 128; // hopefully you know
  int8_t myElements[NumElements];
  FILE *fp = fopen("mydata.bin", "rb");
  assert(fp != NULL);
  size_t countRead = fread(myElements, sizeof(int8_t), NumElements, fp);
  assert(countRead = NumElements);

  // do something with myElements
}

Ваш вопрос не имеет для меня смысла, но вот куча случайной информации о том, как читать двоичный файл:

struct myobject { //so you have your data
    char weight;
    double value;
};
//for primitives in a binary format you simply read it in
std::istream& operator>>(std::istream& in, myobject& data) {
    return in >> data.weight >> data.value; 
    //we don't really care about failures here
}
//if you don't know the length, that's harder
std::istream& operator>>(std::istream& in, std::vector<myobject>& data) {
    int size;
    in >> size; //read the length
    data.clear();
    for(int i=0; i<size; ++i) { //then read that many myobject instances
        myobject obj;
        if (in >> obj)
            data.push_back(obj);
        else //if the stream fails, stop
            break;            
    }
    return in;
}
int main() {
    std::ifstream myfile("input.txt", std::ios_base::binary); //open a file
    std::vector<myobject> array;
    if (myfile >> array) //read the data!
        //well that was easy
    else
        std::cerr << "error reading from file";
    return 0;
};

Кроме того, вы можете использовать член .seek(position) для ifstream, чтобы перейти непосредственно к определенной точке файла, если вы знаете, где найти данные, которые вы ищете.

О, вы просто хотите прочитать первые 12 байтов файла как 8-битные целые числа, а затем следующие 12 байтов как int32_t?

int main() {
    std::ifstream myfile("input.txt", std::ios_base::binary); //open a file

    std::vector<int8_t> data1(12); //array of 12 int8_t
    for(int i=0; i<12; ++i) //for each int
        myfile >> data1[i]; //read it in
    if (!myfile) return 1; //make sure the read succeeded

    std::vector<int32_t> data2(3); //array of 3 int32_t
    for(int i=0; i<3; ++i) //for each int
        myfile >> data2[i]; //read it in
    if (!myfile) return 1; //make sure the read succeeded

    //processing
}