Выбрасывать исключения в автозагрузчик SPL?

Это не ошибка, это дизайнерское решение:

Примечание. Исключения, возникающие в функции __autoload, не могут быть перехвачены в блоке catch, что приводит к фатальной ошибке.

Причина в том, что может быть более одного обработчика автозагрузки, и в этом случае вы не хотите, чтобы первый обработчик выдавал исключение и обходил второй обработчик. Вы хотите, чтобы ваш второй обработчик имел возможность автоматически загружать свои классы. Если вы используете библиотеку, которая использует функцию автозагрузки, вы не хотите, чтобы она обходила ваш обработчик автозагрузки, потому что они генерируют исключения внутри своего автозагрузчика.

Если вы хотите проверить, можете ли вы создать экземпляр класса, используйте class_exists и передайте true в качестве второго аргумента (или оставьте его, true используется по умолчанию):

if (class_exists('foobarDomain', $autoload = true)) {
    $domain = new foobarDomain();
} else {
    echo 'Class not found';
}

Согласно комментариям в документации для spl_autoload_register, возможно вызвать другую функцию из автозагрузчика, которая, в свою очередь, вызовет исключение.

class SPLAutoLoader{

    public static function autoloadDomain($className) {
        if(file_exists('test/'.$className.'.class.php')){
            require_once('test/'.$className.'.class.php');
            return true;
        }       
        self::throwFileNotFoundException();
    }

    public static function throwFileNotFoundException()
    {
        throw new Exception('File not found');
    }

} //end class

//start
spl_autoload_register( array('SPLAutoLoader', 'autoloadDomain') );

try{
    $domain = new foobarDomain();
}catch(Exception $c){
    echo 'File not found';
}

Вот полноценный фабричный объект, который демонстрирует автоматическую загрузку, поддержку пространств имен, вызовы из нестатических экземпляров (с переменными путями), обработку ошибок загрузки и пользовательских исключений.

abstract class AbstractFactory implements \ArrayAccess
{
    protected $manifest;
    function __construct($manifest)
    {
        $this->manifest = $manifest;
    }

    abstract function produce($name);

    public function offsetExists($offset)
    {
        return isset($this->manifest[$offset]);
    }

    public function offsetGet($offset)
    {
        return $this->produce($offset);
    }
    //implement stubs for other ArrayAccess funcs
}


abstract class SimpleFactory extends AbstractFactory {

    protected $description;
    protected $path;
    protected $namespace;

    function __construct($manifest, $path, $namespace = "jj\\") {
        parent::__construct($manifest);
        $this->path = $path;
        $this->namespace = $namespace;
        if (! spl_autoload_register(array($this, 'autoload'), false)) //throws exceptions on its own, but we want a custom one
            throw new \RuntimeException(get_class($this)." failed to register autoload.");
    }

    function __destruct()
    {
        spl_autoload_unregister(array($this, 'autoload'));
    }

    public function autoload($class_name) {
        $file = str_replace($this->namespace, '', $class_name);
        $filename = $this->path.$file.'.php';
        if (file_exists($filename))
            try {
                require $filename; //TODO add global set_error_handler and try clause to catch parse errors
            } catch (Exception $e) {} //autoload exceptions are not passed by design, nothing to do
    }

    function produce($name) {
        if (isset($this->manifest[$name])) {
            $class = $this->namespace.$this->manifest[$name];
            if (class_exists($class, $autoload = true)) {
                return new $class();
            } else throw new \jj\SystemConfigurationException('Factory '.get_class($this)." was unable to produce a new class {$class}", 'SYSTEM_ERROR', $this);
//an example of a custom exception with a string code and data container

        } else throw new LogicException("Unknown {$this->description} {$name}.");
    }

    function __toString() //description function if custom exception class wants a string explanation for its container
    {
        return $this->description." factory ".get_class($this)."(path={$this->path}, namespace={$this->namespace}, map: ".json_encode($this->manifest).")";
    }

}

и наконец пример:

namespace jj;
require_once('lib/AbstractFactory.php');
require_once('lib/CurrenciesProvider.php'); //base abstract class for all banking objects that are created

class CurrencyProviders extends SimpleFactory
{
    function __construct()
    {
        $manifest = array(
          'Germany' => 'GermanBankCurrencies',
          'Switzerland' => 'SwissBankCurrencies'
        );

        parent::__construct($manifest, __DIR__.'/CurrencyProviders/', //you have total control over relative or absolute paths here
       'banks\');
        $this->description = 'currency provider country name';
    }


}

теперь сделай

$currencies_cache = (new \jj\CurrencyProviders())['Germany'];

or

$currencies_cache = (new \jj\CurrencyProviders())['Ukraine'];

LogicException("Неизвестное название страны-поставщика валюты Украина")

Если в /CurrencyProviders/ нет файла SwissCurrencies.php,

\jj\SystemConfigurationException('Factory jj\CurrencyProviders не удалось создать новый классbanks\SwissCurrencies. Данные отладки: имя страны-поставщика валюты factory jj\CurrencyProviders(path=/var/www/hosted/site/.../CurrencyProviders/ , namespace=banks\, map: {"Германия": "GermanBankCurrencies", "Швейцария": "SwissBankCurrencies"}')

Приложив достаточные усилия, эту фабрику можно расширить для обнаружения ошибок синтаксического анализа (Как отловить ошибку require() или include() в PHP?) и передать аргументы конструкторам.