Выполнение запросов BLAST с помощью BioPython

Я хотел бы

  1. ВЗРЫВ несколько последовательностей
  2. Получить первые 100 обращений или около того из каждого запроса
  3. Объединение загруженных последовательностей
  4. Удалить дубликаты

Как я могу сделать это в BioPython?


bioinformatics biopython sequences blast
person Jon    schedule 03.11.2009    source источник

Ответы (2)


arrow_upward
7
arrow_downward 

 from Bio.Blast import NCBIWWW
    fasta_string = open("myfasta").read()
    result_handle = NCBIWWW.qblast("blastn", "nt", fasta_string)
    print result_handle.read()

Выше myfasta находится ваш пользовательский файл последовательности, который предоставляется для Интернета BLAST.

вы можете позже поиграть с result_handle, используя NCBIXML, как хотите (т.е. чтобы получить 100 лучших, удалить дубликаты)

person Chirag Matkar    schedule 06.06.2015

arrow_upward
4
arrow_downward

Конечно, можно — учебник объясняет, как запускать BLAST локально и с NCBI и как анализировать результаты. Я оставлю фактическую реализацию в качестве упражнения для вас!

person david w    schedule 03.11.2009
comment
Хорошо спасибо. Вы также знаете, почему я не могу импортировать из Bio в python2.6, когда я могу сделать это в python2.5? - person Jon; 04.11.2009
comment
почему бы вам не открыть еще один вопрос по этому поводу? p.s. вы должны принять ответ Дэвида, если считаете его правильным. - person dalloliogm; 26.01.2010