цикл по спискам каталогов list.remove() не работает

Предполагая, что arcpy.da.Walk работает так же, как os.walk (то есть удаление каталога из имен каталогов останавливает переход к этому каталогу), вы должны добавить еще один цикл for для перебора имен каталогов и применения вашего фильтра. Обратите внимание, что я скопировал имена каталогов, чтобы вызывать remove, не нарушая работу итератора.

for dirpath, dirnames, filenames in arcpy.da.Walk(in_workspace, datatype="FeatureClass",type="Polygon"):
    # remove subdirectories that match pattern so they will not be walked
    for dirname in dirnames[:]:
        if 'dir1' in dirname:
            dirnames.remove(dirname)

Взяв из ресурсы ArcGIS, вы можете использовать регулярное выражение для фильтрации имен файлов несколькими способами. Вот примеры регулярного выражения, которое удаляет файлы, содержащие «abc», «def» или «ghi» в слотах подстановочных знаков:

import arcpy
import os
import re

workspace = "c:/data"
feature_classes = []

# i dont like abc, def or ghi features so I have a regex to match them
filter_classes_re = re.compile('fc_(abc|def|ghi)_feature$')

for dirpath, dirnames, filenames in arcpy.da.Walk(workspace,
                                                  datatype="FeatureClass",
                                                  type="Polygon"):
    for filename in filenames:
        # only add to feature list if it doesn't match the bad guys
        if filter_classes_re.match(filename) is None:
            feature_classes.append(os.path.join(dirpath, filename))


# alternately, i could extract the wildcard part and compare it outside
# of the regex ... but this will be slower

filter_classes_re = re.compile('fc_(.*?)_feature$')

for dirpath, dirnames, filenames in arcpy.da.Walk(workspace,
                                                  datatype="FeatureClass",
                                                  type="Polygon"):
    for filename in filenames:
        # extract the wildcard part
        match = filter_classes_re.match(filename)
        if match:
            matched = match.group(1)
        else:
            matched = ''
        if matched not in ('abc', 'def', 'ghi'):
            feature_classes.append(os.path.join(dirpath, filename))