При профилировании процессорного времени приложения с помощью VisualVM можно увидеть вкладку «Дерево вызовов» после создания моментального снимка. Но в моем случае дерево вызовов показывает только некоторые классы и методы RMI TCP, но не показывает ни одного класса моего приложения.
Как я могу отобразить правильное дерево вызовов?
Возможности
На вкладке «Профилировщик» есть флажок «Настройки». Если вы установите флажок «Настройки», появится другая панель, которая позволит вам настроить классы, о которых профилировщик собирает данные.
Вот скриншот. 
Как сказал @Holger, моментальные снимки профилировщика/сэмплера должны отображать только запущенные потоки. Однако я обнаружил на собственном опыте, что моментальные снимки выборки иногда показывают больше потоков, чем профилирование.
Более того, сэмплер VisualVM позволяет вам видеть процессорное время каждого потока в режиме реального времени (без создания моментального снимка), независимо от того, работает ли он, находится в спящем режиме, ожидает или отслеживает.
Я не понимаю, почему это происходит, поскольку профилирование должно быть более точным, чем выборка (см. вот разница), но есть.
В общем, я бы порекомендовал вам попробовать сэмплер и посмотреть, работает ли он.
Дерево вызовов показывает только те потоки, которые действительно выполнялись во время выборки/профилирования (не находились в спящем режиме все время) и чьи трассировки стека не были полностью отфильтрованы. Фильтр настраивается перед началом выборки или профилирования. При включении флажка «настройки» в правом верхнем углу можно настроить фильтр. В случае сэмплера вы также можете настроить частоту дискретизации, которая является компромиссом между производительностью и риском наблюдения за текущим состоянием потока. Но может случиться так, что ваше приложение действительно бездействовало во время профилирования. Тогда единственные потоки, которые вы видите, — это потоки RMI, поддерживающие соединение с VisualVM.
