Matlab открывает только первый кадр многостраничного стека TIFF

Я создал многостраничные файлы tiff с помощью макроса в ImageJ, и теперь я пытаюсь открыть его с помощью Matlab, но я могу получить доступ только к первому кадру.

Вот результат imfinfo(имя файла). Соответственно, я получаю

length(imfinfo(filename)) = 1

Filename: [1x129 char]
              FileModDate: '28-nov-2013 12:27:51'
                 FileSize: 6.7905e+09
                   Format: 'tif'
            FormatVersion: []
                    Width: 512
                   Height: 512
                 BitDepth: 8
                ColorType: 'grayscale'
          FormatSignature: [77 77 0 42]
                ByteOrder: 'big-endian'
           NewSubFileType: 0
            BitsPerSample: 8
              Compression: 'Uncompressed'
PhotometricInterpretation: 'BlackIsZero'
             StripOffsets: 932625
          SamplesPerPixel: 1
             RowsPerStrip: 512
          StripByteCounts: 262144
              XResolution: []
              YResolution: []
           ResolutionUnit: 'None'
                 Colormap: []
      PlanarConfiguration: 'Chunky'
                TileWidth: []
               TileLength: []
              TileOffsets: []
           TileByteCounts: []
              Orientation: 1
                FillOrder: 1
         GrayResponseUnit: 0.0100
           MaxSampleValue: 255
           MinSampleValue: 0
             Thresholding: 1
                   Offset: 8
         ImageDescription: 'ImageJ=1.47q
 images=25900
 slices=25900
 loop=false

Однако, если я открою тот же файл tif в ImageJ, я смогу читать и прокручивать 25900 кадров... Странно то, что Matlab может читать предыдущий многостраничный tiff, который я создал в imageJ, без моего пакетного макроса...

Я не понимаю, что происходит... буду очень признателен за любую помощь! Спасибо, Стивен


matlab tiff imagej
person user3049481    schedule 29.11.2013    source источник

Ответы (2)


arrow_upward
2
arrow_downward

На самом деле это вина ImageJ. Для больших TIFF вместо использования стандарта BigTiff для сохранения стека ImageJ вместо этого сохраняет необработанный файл с фальшивым заголовком TIFF, содержащим первый кадр, и радостно называет его .tif. Вы можете обсудить с разработчиками ImageJ, почему они считают это хорошей идеей.

Чтобы прочитать эти стеки в Matlab, вы можете использовать memmapfile или MappedTensor.

person Dylan Richard Muir    schedule 30.01.2015
comment
Теперь в TIFFStack поддерживается поддельные TIF-файлы ImageJ: github.com/DylanMuir/TIFFStack. - person Dylan Richard Muir; 06.04.2016

arrow_upward
-1
arrow_downward

Вы должны перебрать все изображения в стеке:

fname = 'my_file_with_lots_of_images.tif';
info = imfinfo(fname);
imageStack = [];
numberOfImages = length(info);
for k = 1:numberOfImages
    currentImage = imread(fname, k, 'Info', info);
    imageStack(:,:,k) = currentImage;
end
person Olivier    schedule 29.11.2013
comment
Спасибо за ваш комментарий, но я уже делал это. На самом деле я понял, что эта ошибка была связана с большим размером стека tiff: всякий раз, когда он больше примерно 5 Гб, Matlab видит только первый кадр, но если я уменьшил размер, разделив файл, тогда он работает... Довольно раздражает, потому что мне пришлось переписать сценарий, но я не нашел другого решения... - person user3049481; 30.11.2013
comment
Этот процесс был бы намного быстрее при правильном предварительном распределении imageStac. Даже редактор MATLAB предупредит вас об увеличении размера матрицы внутри цикла. - person Cris Luengo; 16.12.2018