Есть ли разница между созданием экземпляра модели, в которой другие модели находятся внутри той же модели?
model A
model B
end B;
model C
end C;
B b;
C c;
end A;
и создание экземпляров моделей, которые не находятся в одной модели
model A
B b;
C c;
end A;
model B
end B;
model C
end C;
Вообще-то нет. Фактически, определения моделей вложенности внутри других моделей обычно не одобряются, и в правилах поиска есть некоторые ограничения в отношении этого (я думаю, вам нужно создать внутренние модели encapsulated или что-то в этом роде). Итак, второй подход, который вы показываете, действительно является предпочтительным. Еще лучше, если они будут организованы внутри иерархии пакетов.
