взрыв против геномов в биопитоне

from Bio.Blast import NCBIXML
from Bio.Blast import NCBIWWW

result_handle = NCBIWWW.qblast(
    "blastn",
    "nr",
    "CACTTATTTAGTTAGCTTGCAACCCTGGATTTTTGTTTACTGGAGAGGCC",
    entrez_query='"Beutenbergia cavernae DSM 12333" [Organism]')

blast_records = NCBIXML.parse(result_handle)

for blast_record in blast_records:
    for alignment in blast_record.alignments:
        for hsp in alignment.hsps:
            print(hsp.query[0:75] + '...')
            print(hsp.match[0:75] + '...')
            print(hsp.sbjct[0:75] + '...')

это не дает мне вывода, хотя последовательность на самом деле является последовательностью генома, поэтому я должен получить результат. где ошибка? запрос правильный?


biopython genome blast
person user3744999    schedule 11.07.2014    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
3
arrow_downward

Ваш запрос не возвращает никаких результатов. Причиной являются параметры по умолчанию для взрыва. Эти параметры работают лучше в этом конкретном случае запросов небольшой длины:

result_handle = NCBIWWW.qblast(
    "blastn",
    "nr",
    "CACTTATTTAGTTAGCTTGCAACCCTGGATTTTTGTTTACTGGAGAGGCC",
    megablast=False,
    expect=1000,
    word_size=7,
    nucl_reward=1,
    nucl_penalty=-3,
    gapcosts="5 2",
    entrez_query='Beutenbergia cavernae DSM 12333 [Organism]')

В частности, параметр expect играет здесь важную роль.

person xbello    schedule 11.07.2014