Разные результаты с приложением и кодом в ImageJ

В вашем коде есть несколько проблем:

• Чтобы получить измерения из Analyzer< /a>, вам нужно запустить его метод measure()
• Вы печатаете rt.MIN, константу, используемую для определения заголовков по умолчанию, соответствующих измерениям, см. исходный код. Вместо этого следует использовать ResultsTable#getValueAsDouble(int column, int row) или getValue(String column, int row), чтобы получить интересующую вас ценность.
• Очевидно, вы хотите измерить минимальное значение. Вы должны включить Measurements.MIN_MAX в ваша переменная measurements для этого.

Код, который вы записали, похоже, является кодом макроса Javascript, а не кода ImageJ, поэтому вот несколько версий вашего скрипта, которые используют образец изображения Blobs (File > Open Samples > Blobs (25K) ), установить порог по умолчанию и измерить те же параметры.

Макрос ImageJ1:

run("Blobs (25K)");
setAutoThreshold("Default");
run("Set Measurements...", "area mean standard modal min median area_fraction limit redirect=None decimal=3");
run("Measure");

Javascript:

importClass(Packages.ij.IJ);

imp = IJ.openImage("http://imagej.nih.gov/ij/images/blobs.gif");
IJ.setAutoThreshold(imp, "Default");
IJ.run("Set Measurements...", "area mean standard modal min median area_fraction limit redirect=None decimal=3");
IJ.run(imp, "Measure", "");
imp.show();

Beanshell (который ближе всего к коду Java):

import ij.IJ;

imp = IJ.openImage("http://imagej.nih.gov/ij/images/blobs.gif");
IJ.setAutoThreshold(imp, "Default");
IJ.run("Set Measurements...", "area mean standard modal min median area_fraction limit redirect=None decimal=3");
IJ.run(imp, "Measure", "");
imp.show();

Если вы хотите избежать вызовов IJ и использовать API ImageJ более низкого уровня, вот как это выглядит в Beanshell:

import ij.ImagePlus;
import ij.IJ;
import ij.measure.Measurements;
import ij.measure.ResultsTable;
import ij.plugin.filter.Analyzer;

ImagePlus imp = IJ.openImage("http://imagej.nih.gov/ij/images/blobs.gif");
// IJ.setAutoThreshold(imp, "Default");
imp.getProcessor().setAutoThreshold("Default");

// IJ.run("Set Measurements...", "area mean standard modal min median area_fraction limit redirect=None decimal=3");
int measurements = Measurements.AREA + Measurements.MEAN + Measurements.MIN_MAX + Measurements.STD_DEV + Measurements.MODE + Measurements.MEDIAN + Measurements.AREA_FRACTION + Measurements.LIMIT;

// IJ.run(imp, "Measure", "");
ResultsTable rt = new ResultsTable();
Analyzer analyzer = new Analyzer(imp, measurements, rt);
analyzer.measure();

Double result = rt.getValue("Min", rt.getCounter() - 1); // get value of interest
IJ.log(result.toString()); // print to log window
// Alternatively, show the full results table
// rt.show("New Results");