Филогенетическая раскраска дерева

Я создал филогенетическое дерево ряда последовательностей ферментов, которые у меня есть. Он у меня в простом формате с отображением только очков и без раскраски. Теперь последовательности, которые у меня есть, являются ферментами рестрикции, и у каждой из них есть motif. Я хочу раскрасить ветки фермента, похожие на motifs. Большую часть вчерашнего дня я изучал различные программы, которые могли бы помочь мне в этом, но в итоге запутался. Я хотел узнать хороший инструмент, который принимает деревья либо в формате newick, либо принимает alignment информацию. и позволит мне передать цвет на основе похожих мотивов.

Я наткнулся на этот инструмент: http://etetoolkit.org/, но он требует большого количества зависимых библиотек, которые в Turn имеют зависимости с небольшой документацией об ошибках установки или без нее.

Я использовал класс Phylo из библиотеки BioPython для разработки деревьев. Я использовал следующую команду для создания своего дерева с оценками:

Phylo.draw(tree,branch_labels=lambda c: c.branch_length)


python biopython phylogeny
person letsc    schedule 15.10.2014    source источник
comment
Создайте другое дерево с этими узлами, имеющими требуемые мотивы, и постройте их с помощью draw_graphwiz с некоторым цветом узла, а затем нанесите на него все дерево без цвета узла.   -  person Sainath Motlakunta    schedule 15.10.2014
comment
Не могли бы вы уточнить?   -  person letsc    schedule 15.10.2014
comment
Проверьте это сообщение stackoverflow.com/questions/4051414/. Оставьте размер узла для незаинтересованных узлов равным 0 и некоторым значением для заинтересованных узлов.   -  person Sainath Motlakunta    schedule 15.10.2014

Ответы (2)


arrow_upward
1
arrow_downward

FigTree (http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/) - это программа просмотра филогенетического дерева, которая позволяет настраивать раскраску.

Мне непонятно, как узнать, у какого фермента какой мотив. Если эта информация не встроена, вам может потребоваться аннотировать каждую последовательность перед построением вашего дерева, чтобы вы могли выполнять поиск в FigTree и раскрашивать по меткам.

(Обратите внимание, что если вы хотите показать только имя фермента без мотива, вы все равно можете воспользоваться этим подходом, а затем вручную отредактировать файл .nwk, оставив информацию о цвете, но удалив аннотации.)

person iayork    schedule 03.12.2014
comment
Спасибо за ответ. Однако я использовал набор инструментов ETE (etetoolkit.org). Это отличная библиотека для филогенетического анализа через python. - person Beginner; 07.12.2014

arrow_upward
0
arrow_downward

В BioPython простой способ раскрасить ветви дерева - установить атрибут clade color. Например, если бы я хотел окрасить в красный цвет все листья, имена которых есть в списке L, я мог бы написать что-нибудь вроде

for clade in tree.get_terminals():
    if clade.name in L:
        clade.color = 'red'

а затем постройте это дерево, используя Phylo.draw

person Roger Vadim    schedule 09.12.2020