Draw_grapviz: отсутствует ошибка зависимости Python

Я пытаюсь создать филогенетическое дерево, используя метод Phylo.draw_graphviz из библиотеки BioPython и PyGraphviz. Я прочитал документы и установил networkx, matplotlib, а также Graphviz 2.38 для Windows. Затем я установил PyGraphviz из неофициальных двоичных файлов Windows для пакетов расширений Python. Я следовал следующему фрагменту кода, приведенному в Вики Biopython:

from Bio import Phylo
import pylab

tree = Phylo.read('allseqs.dnd', 'newick')
Phylo.draw_graphviz(tree)
pylab.show()

Однако я продолжаю сталкиваться с этой ошибкой:

Traceback (most recent call last):
  File "C:\Users\GAMER\Desktop\Methybase\Data\Helicobacter  pylori  F16\graphtezt.py", line 5, in <module>
    Phylo.draw_graphviz(tree)
  File "c:\users\gamer\desktop\padai\coding\user\lib\site-packages\Bio\Phylo\_utils.py", line 155, in draw_graphviz
    raise MissingPythonDependencyError(
UnboundLocalError: local variable 'MissingPythonDependencyError' referenced before assignment

Исходный код доступен здесь. Я проверил строку 155, как предложила трассировка, и вот что она говорит:

raise MissingPythonDependencyError( 
                 "Install PyGraphviz or pydot if you want to use draw_graphviz.")

Любое решение будет высоко оценено


python pygraphviz biopython
person letsc    schedule 15.10.2014    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
0
arrow_downward

Судя по коду по этой ссылке, кажется, что отсутствует важная строка. Это должно быть from Bio import MissingPythonDependencyError, и оно должно отображаться с отступом между строками 154 и строками 155. Проблема в том, что функция не была импортирована до ее вызова, так как она импортируется только в строке 134, если модуль networkx отсутствует.

person Autumnal    schedule 15.10.2014
comment
Я попытался отредактировать код и добавить import, но все равно выдает ту же ошибку. - person letsc; 16.10.2014
comment
Это странно, я ожидал, что это вызовет исключение. но чтобы это было не одно и то же. Вы уверены, что ошибка точно такая же? - person Autumnal; 16.10.2014
comment
Да, я все еще получаю ту же ошибку. Что еще более сбивает с толку, так это то, что после того, как я добавлю import , оператор raise.. в 155 переходит к 156, но ошибка все еще показывает, что ошибка находится в залоге 155 в raise... - person letsc; 16.10.2014
comment
Из этого следует, что интерпретатор кэширует модуль. На самом деле я почти уверен, поскольку номер строки соответствует тому, что раньше было в этой строке, что что-то нуждается в перезагрузке. Появились ли файлы с расширением .pyc или .pyo? - person Autumnal; 16.10.2014
comment
Я попытался закомментировать файл raise. Та же ошибка. Как это может дать мне ошибку в комментарии? - person letsc; 16.10.2014
comment
@letsc убедитесь, что вы удалили все файлы .pyc после сохранения изменений и перед их запуском. - person MattDMo; 16.10.2014
comment
@MattDMo - я сделал. Не создано .pyc файлов - person letsc; 16.10.2014
comment
Вы на python3 или python2? В python3 у вас будет папка с именем __pycache__ с .pyc файлами в ней. - person xbello; 16.10.2014
comment
Я использую python 2.7 - person letsc; 16.10.2014