Мне нужно найти последовательность ДНК или белка (запрос), которая не может дать никаких результатов с помощью Blast. В то же время это должно дать результат, когда я помещаю его в инструмент FASTA.
Что я могу искать?
Как найти последовательность, которая не может дать никаких результатов по Blast, но дает по FASTA?
comment
stackoverflow.com/q/26491285/1030675
- person choroba schedule 22.10.2014
Ответы (1)
Инструмент FASTA выпущен EMBL-EBI http://www.ebi.ac.uk/Tools/sss/fasta/ и использует базы данных UniProt. Инструмент BLAST от NCBI использует ряд баз данных, перечисленных здесь< /а>. В то время как UniProt считается «универсальным белковым ресурсом, центральным хранилищем данных о белках» (см. статью в Википедии), созданным путем объединения баз данных Swiss-Prot, TrEMBL и PIR-PSD. С сайта BLAST видно, что база данных Trembl не включена в их репозиторий, поэтому я бы искал последовательности, которые были загружены в Trembl, а не в другие базы данных.
person
tymaoz
schedule
27.10.2014
