Есть ли способ заставить Git пометить файл как конфликтующий?

Вы можете получить содержимое файла с маркерами конфликта, используя git checkout --conflict=merge -- file, но если вы очистили индекс, используя git add file (или если GUI сделал это за вас), это не сработает.

Есть git update-index --unresolve, но он халтурный и работает не очень надежно. Я думаю, что восстанавливаемого им состояния будет недостаточно для git-mergetool.

Вам, вероятно, придется повторить слияние или использовать git update-index --cacheinfo, чтобы вручную установить версию этапов... git-stash может помочь вам сохранить правильно разрешенные конфликты.

Если индекс уже находится в состоянии конфликта, просто извлеките файл с флагом --conflict=merge:

git checkout --conflict=merge file

Если индекс чист из-за [ошибочного] добавления неразрешенного файла, просто сбросьте его перед проверкой:

git reset file
git checkout --conflict=merge file

Это позволит вам возобновить разрешение конфликтов в обычном режиме (например, git mergetool).

ПРИМЕЧАНИЕ. Превращение комментария к ответу @jakub-narębski в отдельный ответ по запросу @fourpastmidnight. :)

Самым элегантным решением было бы предотвратить эту проблему с самого начала:
git config --global mergetool.[tool].cmd [command-line call]
git config --global mergetool.[tool].trustExitCode false

Насколько мне известно, вы не сможете выполнить фиксацию, пока файл все еще содержит маркеры конфликта.... что не совсем так:
В OP упоминается, что вы можете ( Я копирую сюда его прошлый бин), но этого будет недостаточно, чтобы инструмент слияния снова сработал:

Auto-merged README
CONFLICT (content): Merge conflict in README
Automatic merge failed; fix conflicts and then commit the result.
lynx:~/test_clone$ ls
README
lynx:~/test_clone$ git add README
lynx:~/test_clone$ git commit -a
Created commit 46ee062: It works!
lynx:~/test_clone$ ls
README
lynx:~/test_clone$ cat README
<<<<<<< HEAD:README
testingtesting
=======
hmm
>>>>>>> 881d60f5f738bc5716f5c9a9384e262b535717fd:README
lynx:~/test_clone$

Как комментирует Чарльз Бейли и иллюстрирует этот SO answer, инструмент слияния запрошен, так как в индексе есть 3 экземпляра одного и того же файла :

Для неслитного файла в конфликте git делает доступными общую базу, локальную и удаленную версии файла в индексе. (Здесь они считываются git mergetool для использования в инструменте 3-way diff.) Вы можете использовать git show для их просмотра:

# common base:
git show :1:afile.txt

# 'ours'
git show :2:afile.txt

# 'theirs'
git show :3:afile.txt

git add (с любым содержимым, включая маркеры конфликта) автоматически удалит 2 из них, гарантируя, что mergetool не будет вызываться снова.

@VonC: Сначала я не создал учетную запись (у меня есть сейчас), поэтому я не мог оставить комментарий. Вызов git mergetool не обнаруживает его, кажется:

Auto-merged README
CONFLICT (content): Merge conflict in README
Automatic merge failed; fix conflicts and then commit the result.
lynx:~/test_clone$ ls
README
lynx:~/test_clone$ git add README
lynx:~/test_clone$ git commit -a
Created commit 46ee062: It works!
lynx:~/test_clone$ ls
README
lynx:~/test_clone$ cat README
>>>>>> 881d60f5f738bc5716f5c9a9384e262b535717fd:README
lynx:~/test_clone$ git mergetool
merge tool candidates:  opendiff emerge vimdiff
No files need merging
lynx:~/test_clone$

git mergetool может принимать имя файла, но это тоже не работает:

Auto-merged README
CONFLICT (content): Merge conflict in README
Automatic merge failed; fix conflicts and then commit the result.
caracal:~/test_clone2$ git mergetool
merge tool candidates:  opendiff emerge vimdiff
Merging the files: README

Normal merge conflict for 'README':
  {local}: modified
  {remote}: modified
Hit return to start merge resolution tool (emerge): 
caracal:~/test_clone2$ ls
#*merge*#145962bz#  README  README~  README.orig
caracal:~/test_clone2$ git mergetool
merge tool candidates:  opendiff emerge vimdiff
No files need merging
caracal:~/test_clone2$ git mergetool README
merge tool candidates:  opendiff emerge vimdiff

README: file does not need merging
caracal:~/test_clone2$ ls
#*merge*#145962bz#  README  README~  README.orig
caracal:~/test_clone2$ 

Также обратите внимание, что я не делал коммитов после выхода из git mergetool.

Пожалуйста, используйте git update-index --unresolve

Начиная с git 1.7, он использует информацию о разрешении-отмене из индекса для восстановления всех 3 этапов (1: базовый, 2: наш, 3: их): https://github.com/git/git/commit/8aa38563b22c84b06ea1fff9638cc1f44fda726f