Что означают разные поля в выводе `git ls-files -s`?

Посмотрите не дальше git ls-files справочной страницы:

git ls-files просто выводит имена файлов, если не указано --stage, и в этом случае он выводит:

       [<tag> ]<mode> <object> <stage> <file>

(Флаг --stage эквивалентен -s.)

Что означают эти поля?

• <mode> — это биты режима. Подробнее см. Как читать поле режима вывод git-ls-tree
• <object> — это SHA соответствующего большого двоичного объекта, т. е. уникальный идентификатор содержимого рассматриваемого файла.
• <stage> — это номер этапа, который обычно равен 0, но принимает ненулевые значения для файлов с конфликтами слияния.
• <file> — это просто путь к файлу.

Вы также спрашиваете в один из ваших последующих комментариев,

Какая связь между <object> и <file>?

Они полностью независимы, так как только содержимое файла (а не его путь/имя файла) используется для генерации связанного с ним хэша. Чтобы убедиться в этом, вы можете провести следующий эксперимент в хранилище игрушек:

# set things up
$ mkdir testgit
$ cd testgit/
$ git init

# write the same contents to two files
$ printf "foo\n" > README.md
$ printf "foo\n" > bar.txt

# stage the two files and run git ls-files
$ git add .
$ git ls-files -s
100644 257cc5642cb1a054f08cc83f2d943e56fd3ebe99 0   README.md
100644 257cc5642cb1a054f08cc83f2d943e56fd3ebe99 0   bar.txt

Обратите внимание, что, несмотря на то, что у этих двух файлов разные имена, они имеют одинаковые SHA, поскольку имеют одинаковое содержимое.