В определении класса SemanticGraph, который используется для анализа зависимостей.
Вот определение переменной "корни" как совокупности вершин:
private final Collection<IndexedWord> roots;
У меня вопрос: почему коллекция? В каких случаях нам понадобится более одной вершины в качестве корня?
https://github.com/stanfordnlp/CoreNLP/blob/master/src/edu/stanford/nlp/semgraph/SemanticGraph.java
Честно говоря, SemanticGraph имеет много исторического кода, который был мотивирован его первоначальным использованием в системе RTE (распознавание текстового ввода), а не для синтаксического анализа зависимостей, поэтому не вдавайтесь в подробности. Но, тем не менее, существуют различные довольно естественные варианты использования (например, синтаксический анализ фрагмента или вывод операций семантического преобразования графа), которые могут привести к отключенным графам и, следовательно, к множественным корням.
