Как я могу показать счетчик в ViewPager, когда из PagerAdapter нечего отображать?

Я бы проверил это внутри метода onCreate действия, в котором вы реализуете ViewPager. Например, допустим, если у вас есть элементы, для которых вы хотите показать макет, включающий ViewPager, но если вы не хотите отображать заставку или простой макет со счетчиком, попробуйте следующее:

@Override
public void onCreate(Bundle savedInstanceState) {
    super.onCreate(savedInstanceState);

    if(mAdapter.getCount() == 0)
        setContentView(R.layout.my_empty_view);
    else{
        setContentView(R.layout.my_pager_view);
    }    
}