QT и QwebKit могу ли я загрузить файл javascript как файл ресурсов и использовать его?

Да, ты можешь. Я делаю это в своем приложении. Например:

QWebFrame* frame = ui->webView->page()->mainFrame();
frame->evaluateJavaScript(readFile(":/scripts/foo.js"));

Где readFile - это функция, которая считывает содержимое файла в строку. Например:

QString readFile (const QString& filename)
{
    QFile file(filename);
    if (file.open(QIODevice::ReadOnly | QIODevice::Text))
    {
        QTextStream stream(&file);
        return stream.readAll();
    }
    return "";
}

Поскольку имя файла начинается с:, оно читается из файла ресурсов. Очевидно, что в файле ресурсов должен быть определен /scripts/foo.js.