Как поместить аргументы в функцию во время выполнения?

Если вам не требуется использовать execlp, execv или execvp, это лучшие функции для ваших требований.

Из http://linux.die.net/man/3/execlp

Функции execv(), execvp() и execvpe() предоставляют массив указателей на строки с завершающим нулем, представляющие список аргументов. доступна для новой программы. Первый аргумент по соглашению должен указывать на имя файла, связанного с исполняемым файлом. Массив указателей должен заканчиваться указателем NULL.

Я предполагаю, что вы используете Linux или какую-либо другую систему POSIX.

Вам, очевидно, нужно, как ответил R.Sahu, использовать такие функции, как execv(3), который принимает массив аргументов в execve(2) системный вызов. Вы можете выделить этот массив в динамической памяти C с помощью malloc(3) или друзей (calloc). Если вы кодируете на C++, вы должны использовать new.

В качестве бесполезного примера приведем фрагмент кода, выполняющего /bin/echo для массива аргументов 1, 2, .... nargs, где int nargs; — строго положительное значение.

Вариант в C99

assert(nargs>0);
char** myargs = malloc ((nargs+2)*sizeof(char*));
if (!myargs) { perror("malloc myargs"); exit(EXIT_FAILURE); };
myargs[0] = "echo";
for (int ix=0; ix<nargs; ix++)
   { char buf[32];
     snprintf(buf,sizeof(buf),"%d",ix);
     myargs[ix+1] = strdup(buf);
     if (!myargs[ix+1]) { perror("strdup"); exit(EXIT_FAILURE); };
   }
myargs[nargs+1] = NULL;
execv("/bin/echo", myargs);
perror("exec echo failed");
exit(EXIT_FAILURE);

В С++ вы бы, например. код char**myargs = new char*[nargs+2];

В общем, вам нужно позже free (в C++ использовать delete) куча выделенной памяти. Здесь он особо и не нужен, так как execv не возвращается. Однако в других случаях (например, если используется fork перед execv, поэтому родительский процесс продолжается и позже будет waitpid), вам нужен цикл для free каждого отдельного элемента (результат strdup), тогда вам нужно free весь массив myargs.

Что касается общего вопроса о вызове произвольной (известной во время выполнения) функции с произвольной сигнатурой, это невозможно в простом стандарте C99, но вы можете использовать некоторые библиотеки (с несколькими кодами на ассемблере или машине внутри них), например libffi

В подлинном C++11 вам по-прежнему нужно, чтобы аргумент массива execv был массив char*. Вы можете подумать об использовании (в качестве промежуточного шага) какого-нибудь std::vector<std::string>, но вам нужно как минимум преобразовать его в std::vector<char*>, а затем передать данные в execve. Прочтите о std::string (и его c_str функции-члене) и std::vector (и его data функция-член). Вы можете попробовать что-то вроде:

 assert (nargs>0);
 std::vector<std::string> vecstr;
 vecstr.resize(nargs+2);
 vecstr[0] = "echo";
 for (int ix=0; ix<nargs; ix++) vecstr[ix+1] = std::to_string(ix+1);
 std::vector<const char*> vecargs;
 vecargs.resize(nargs+2,nullptr); 
 std::transform(vecstr.begin(), vecargs.begin(), 
                  [](const std::string&s) { return s.c_str(); });
 vecargs[nargs+1] = nullptr;
 execv("/bin/echo", vecargs.data());
 throw std::runtime_error(std::string{"exec failure:"}+strerror(errno));

Обратите внимание, что execv может дать сбой, в частности, когда массив аргументов слишком велик; обычно ограничение составляет несколько сотен тысяч элементов, но может быть и намного меньше.