Здравствуйте, я использую ImageJ для анализа файлов -czi и -zvi. Я использую автоматический выбор с помощью «создать выделение» или «анализировать частицы». Он хорошо работает при открытии/импорте файлов с помощью ImageJ. Но когда я пытаюсь использовать плагин импортера Bio-Format с теми же изображениями, он не работает. Выбраны не мои предполагаемые ROIS, а фон или даже ничего. При использовании плагина что-то меняется в параметрах изображения, и я не знаю, что это такое и как это отменить. У кого-нибудь есть идея?
Проблемы выбора после Bio Format Importer, файлов czi и zvi, ImageJ
comment
Создать выделение Команда создает выделение из порогового изображения или бинарной маски. Вы уверены, что используете одни и те же пороги?
- person Jan Eglinger schedule 03.05.2015
comment
да, пробовал несколько раз с одними и теми же файлами и одними и теми же порогами.
- person Nathalie schedule 03.05.2015
Ответы (1)
Одно из Решений, которое я понял, — это Изменение масштаба. В моих исходных файлах используются пиксели, тогда как импортер BioFormat преобразует масштаб в микроны.
Анализ--> Установить масштаб... --> Нажмите, чтобы удалить масштаб или изменение масштаба решает одну часть проблемы.
Для макроса следующий код восстанавливает масштаб:
run("Set Scale...", "distance=0 known=0 pixel=1 unit=pixel");
Все еще что-то об изменениях значений цвета, я не могу найти, создание выбора все еще не работает должным образом.
person
Nathalie
schedule
03.05.2015
