Как заставить PyMOL рисовать связи между атомами в консоли/скрипте?

Я хочу, чтобы скрипт PyMOL автоматически рисовал облигации для данной структуры, например. между всеми атомами палладия или между всеми атомами палладия и серы.

Я могу сделать это вручную командой bond, но нужно знать идентификаторы атомов:

bond id 3, id 4
bond id 2, id 6
...
  • Как создать сразу все нужные облигации?
  • Было бы также полезно, если бы связь создавалась только тогда, когда расстояние между атомами находится в пределах определенного радиуса отсечки.

pymol
person tmartin    schedule 20.05.2015    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
1
arrow_downward

После сканирования списка рассылки PyMol мне удалось соединить все атомы. например

bond (elem pd), (elem pd)

рисует связи между всеми атомами Pd.

Теперь о радиусе отсечки:

bond (elem pd), (elem s) within 2.5 of (elem pd)

создает связи между всеми атомами Pd и всеми атомами S в пределах 2,5 от любого атома Pd. Это приводит к запутанной структуре с очень длинными связями.

Я думаю, что необходимо повторить один из обоих вариантов, чтобы получить облигации в пределах только желаемый радиус отсечки.

Вместо этого я использую функцию find_pairs pymol (это только API, поэтому для использования в скрипте Python).

from pymol import cmd, stored

pd_s_bonds = cmd.find_pairs('n. pd', 'n. s', cutoff=2.5)
for pair in pd_s_bonds:
    cmd.bond('index %s' % pair[0][6], 'index %s' % pair[1][7])
person tmartin    schedule 28.05.2015