Допустим, я хотел добавить внешний пакет в свою установку Python. Если у Canopy его нет, вам нужно открыть инструменты щелчка графического интерфейса, открыть терминал Canopy и запустить pip install package, что легко и просто, если у вас не установлен графический рабочий стол или вы используете ssh.
Как мне: а) открыть инструмент Canopy Terminal и/или б) установить внешние пакеты, используя только системную командную строку?
Просто поместите среду Canopy User Python во начало вашего PATH. См. эту статью: https://support.enthought.com/entries/23646538-Make-Canopy-User-Python-be-your-default-Python
Если вы хотите использовать графический интерфейс, вы можете посмотреть здесь полезное руководство. Например, в Ubuntu: 
В случае, если вы хотите использовать canopy без графического интерфейса, вам необходимо активировать виртуальную среду, используя источник: ~/my_venv/bin/activate. Подробнее об этом можно узнать здесь.
