как управлять ImageJ из Python 3.4.2

Я пытаюсь использовать Python 3.4.2 для управления ImageJ

то, что я хочу сделать, это код Python , Я хочу отправить заказы в imageJ для анализа некоторых изображений , обнаруживая края, контраст, шум и т. д., здесь есть аналогичный вопрос Как подключить ImageJ к python ?, но нет ответа, например "установите это и управляйте кнопкой" Найти края с помощью этой команды "

Интересно, как я могу это сделать, может ли кто-нибудь мне помочь?

Я нашел эту ссылку, и это ссылка, и они говорят, что это возможно с помощью" import ij "но нет библиотеки ij, которую я мог бы использовать или установить.

также на веб-сайте ImageJ говорится в разделе «Как я могу вызвать ImageJ из моего программного обеспечения?» что «Если ваше программное обеспечение написано на другом языке, таком как C или Python, существует множество способов интеграции функциональности Java. Вы должны выбрать, какой из них лучше всего соответствует вашим конкретным требованиям». но нет конкретики

на этой веб-странице Google говорится, что с "py4ij" я могу управлять imagej с помощью python "Py4IJ - Python для ImageJ - плагин и IDE, которые позволяют Python и Jython получить доступ к ImageJ »

но я не знаю, как его запустить, Помогите

в качестве альтернативы Imagej - Фиджи, но я не уверен, может ли python управлять им, или мне нужно использовать Фиджи и Учебное пособие по Фиджи

моей последней альтернативой является использование OpenCV для обработки изображений, но Мне действительно нужно использовать ImageJ или Fiji, поэтому OpenCV не является правильным ответом

Благодарность

ИЗМЕНИТЬ

Согласно первому ответу, предлагается написать модуль RunImageJ для CellProfiler, но мой вопрос: нужно ли мне устанавливать CellProfiler? из здесь, следуя примерам здесь и здесь и запустив модуль

или мне следует следовать идее нативного Python по этой ссылке

в любом случае первая ссылка для ответа говорит о Jython, но я не могу использовать Jython, последняя его версия основана на python2.7, и я использую 3.4, а для jython 3.x разработки нет.

помощь


person Jose Fernando Gomez Davila    schedule 01.09.2015    source источник


Ответы (1)


Интеграция Python с ImageJ недавно обсуждалась на новом форуме ImageJ; см. ветку сценариев Python.

Хотя он фокусируется на вызове модулей Python с оболочкой из собственного кода, таких как NumPy из ImageJ, обратное направление (вызов ImageJ из Python) также решается некоторыми решениями, в частности модулем RunImageJ от CellProfiler. Как обсуждалось там, преданный своему делу программист мог бы начать там и отстаивать более общее решение на благо сообщества.

Как правило, эта проблема обсуждается в вики-странице ImageJ на странице Python, особенно на странице раздел об ограничениях.

person ctrueden    schedule 24.09.2015
comment
если я хочу написать модуль RunImageJ для CellProfiler, нужно ли мне устанавливать CellProfiler? - person Jose Fernando Gomez Davila; 30.09.2015
comment
Да, чтобы использовать модули CellProfiler, вам необходимо установить CellProfiler. :-) - person ctrueden; 30.09.2015