Я не уверен, что кто-то сталкивался с таким поведением или нет, но iOS9 заставляет мой оттенок UIAlertController наследоваться от главного окна. Есть ли какой-то конкретный способ, например UIAppearance, который может помочь и решить проблему.
[[UICollectionViewCell appearanceWhenContainedIn:[UIAlertController class], nil] setTintColor:[UIColor colorWithRed:0 green:0 blue:0 alpha:1]];