разделение массива char * с использованием strtok дает ошибку времени выполнения

Вы не можете вызвать strtok() для строкового литерала, потому что строковые литералы являются постоянными. Обычно безопаснее объявлять указатели на строковые литералы с квалификатором const, чтобы компилятор предупредил вас, когда программа пытается изменить указатель.

Вам нужно сделать вашу строку массивом вместо указателя на строковый литерал, например

static char __rx_data[] = "AT+CGMI\r";

это массив из 9 байтов, содержащий строку из 8 символов, которые вы можете изменять, strtok() действительно изменяет его аргументы.

Вам также необходимо выделить место для вашего struct, чтобы его можно было использовать, вы можете сделать это двумя способами, используя malloc()

AT_msg_Data *data;
data = malloc(sizeof(*data));
if (data == NULL)
    return -1; /* failed to allocate memory -- exit the program */

или просто создайте экземпляр в стеке

AT_msg_Data data;
/*         ^ no star here */

а затем получить доступ к его членам с . вместо ->.

Другой способ, который неприменим в этом случае, поскольку ваша строка не может быть выделена динамически, - это использовать malloc() или strdup().

Вы также можете использовать strchr() вот так

const char *plus;
plus = strchr(__rx_data, '+');
if (plus != NULL)
{
    size_t length; /* maybe use `ptrdiff_t' here but just for illustration */
    length = plus - __rx_data;
    data->header = malloc(length + 1); 
    if (data->header != NULL)
    {
        memcpy(data->header, __rx_data, length);
        data->header[length] = '\0';
        data->body = strdup(plus + 1);
    }
    /* note: data->header can be `NULL' from here, so check that before using it */
    /*       this also applies to data->body */
}

Таким образом, вам не нужно будет изменять __rx_data, что лучше, потому что это глобальная переменная, и я предполагаю, что вы собираетесь использовать ее повторно. Вы должны сделать свой код более безопасным, повторно объявив

static const char *const __rx_data = "AT+CGMI\r";

если вы собираетесь использовать подход strchr().

С этим объявлением __rx_data нельзя переназначить или изменить без жалоб компилятора.

Ваш код в любом случае потерпит неудачу позже, потому что '\0', помещенный strtok() в позицию знака +, будет перезаписан +, когда вы снова вызовете strtok(), strtok() сохраняет внутренний буфер для восстановления замененных символов, что также делает его небезопасным, если ваша программа многопоточный.

Вы можете использовать sscanf, но сначала вам нужно выделить память для data, header и body.

data = malloc(sizeof(AT_msg_Data));
if(data==NULL){
      // handle error
 }
data->header = malloc(10);
if(data->header==NULL){
      // handle error
 }

data->body = malloc(20);
if(data->body==NULL){
      // handle error
 }

А затем используйте sscanf вот так -

 if(sscanf(__rx_data,"%[^+]+%[^\r]\r",data->header,data->body)==2){     // if sscanf is successful 
   //do something
  }

Затем после этого data->header будет содержать AT, а data->body будет иметь CGMI из строки.