В чем разница между приложением, зависящим от X-сервера, и приложением на Wayland?

Это зависит от того, какую библиотеку вы используете для создания графического интерфейса (или захвата событий мыши и клавиатуры).

• Если ваше приложение напрямую ссылается на xlib, то оно наверняка зависит от X (очевидно).
• Gtk, Qt, SDL и многие другие теперь поддерживают протокол Wayland и могут быть легко настроены для его использования без каких-либо изменений в приложении.
• Теперь, если ваш код напрямую использует libwayland или одну из его привязок (или переписывает), это всего лишь Wayland (так же очевидно, как и для xlib).

Подводя итог, лучший способ избежать зависимости от графического сервера - передать это сторонней библиотеке, которая уже решила проблему.