Проблема с изменением фрагмента в FragmentManager

как сказано в руководстве Android по запуску фрагментов. Не используйте элемент fragment в вашем файле макета, когда вы хотите, чтобы фрагмент изменился. вы должны использовать какой-то макет, например FrameLayout

Это необходимо, если вы планируете менять фрагменты в течение жизни активности.

Я думаю, что это то, что вызывает ваши проблемы.

Ваш новый макет XML близок, но я имел в виду это ВМЕСТО использования <fragment> вообще.

<FrameLayout xmlns:android="http://schemas.android.com/apk/res/android"
    android:id="@+id/fragment_place"
    android:layout_width="match_parent"
    android:layout_height="match_parent">

</FrameLayout>  

Затем в самом коде еще многое предстоит сделать, потому что вам нужно будет создать/прикрепить «домашний» фрагмент при первом создании пользовательского интерфейса.

внутри твоего public void onCreate(Bundle savedInstanceState) {

добавьте это, чтобы создать/прикрепить первый «домашний» фрагмент.

 if (findViewById(R.id.fragment_place) != null) {

        // However, if we're being restored from a previous state,
        // then we don't need to do anything and should return or else
        // we could end up with overlapping fragments.
        if (savedInstanceState != null) {
            return;
        }

        // Create a new Fragment to be placed in the activity layout
        HomeFrag firstFragment = new HomeFrag();

        // In case this activity was started with special instructions from an
        // Intent, pass the Intent's extras to the fragment as arguments
        //   firstFragment.setArguments(getIntent().getExtras());
        // I commented this out since you don't appear to need it right now.

        // Add the fragment to the 'fragment_container' FrameLayout
        getFragmentManager().beginTransaction()
                .add(R.id.fragment_container, firstFragment).commit();
    }

Оберните с помощью framelayout. Попробуйте этот xml

Объяснение здесь

<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<RelativeLayout xmlns:android="http://schemas.android.com/apk/res/android"
android:id="@+id/RelativeLayout1"
android:layout_width="match_parent"
android:layout_height="match_parent" >
<Framelayout
  android:layout_width="match_parent"
  android:layout_height="match_parent">
    <fragment
        android:id="@+id/fragment_place"
        android:name="com.javacodegeeks.android.fragmentstest.HomeFrag"
        android:layout_width="match_parent"
        android:layout_height="match_parent"
        android:layout_above="@+id/L1" />
  </framelayout>
<RelativeLayout
    android:id="@+id/L1"
    android:layout_width="match_parent"
    android:layout_height="wrap_content"
    android:layout_alignParentBottom="true" >


   <ImageView
        android:id="@+id/button1"
        android:layout_width="wrap_content"
        android:layout_height="wrap_content"
        android:src="@drawable/home"
        android:onClick="selectFrag"
        android:layout_alignParentLeft="true"/>

     <ImageView
        android:id="@+id/button2"
        android:layout_width="wrap_content"
        android:layout_height="wrap_content"
        android:src="@drawable/search"
        android:onClick="selectFrag"
        android:layout_toRightOf="@+id/button1"/>

       <ImageView
        android:id="@+id/button3"
        android:layout_width="wrap_content"
        android:layout_height="wrap_content"
        android:src="@drawable/map"
        android:onClick="selectFrag"
        android:layout_toRightOf="@+id/button2"/>




</RelativeLayout>

Попробуйте этот фрагмент кода, который будет работать

        FragmentManager fm = getFragmentManager();
        FragmentTransaction fragmentTransaction = fm.beginTransaction();
        Fragment currentFragment =   getSupportFragmentManager().findFragmentById(R.id.fragment_place);
        if(currentFragment!=null)
            fragmentTransaction.remove()
        else{
            fragmentTransaction.add(R.id.fragment_place, fr);
            `enter code here`
            fragmentTransaction.commit();
        }