Рекурсивное переименование папок и файлов в имя подкаталога и перемещение файлов

У меня есть несколько подкаталогов без единого образца именования в моем домашнем каталоге (например, ~/123, ~/456, ~/789).

В каждом из этих подкаталогов у меня есть две папки с именами alignment1 и alignment2. В папках alignment1 и alignment2 есть несколько файлов.

Интересующие меня файлы имеют имена alignment1 (без расширения) в папке alignment1 и файл alignment2 (без расширения) в папке alignment2.

Помните, что в папках alignment1 и alignment2 есть другие файлы с именами alignment, , но у них есть расширения (например, alignment1.backbone, alignment1.bbcol и alignment2.backbone, alignment2.bbcol в соответствующих папках alignment1 и alignment2), но я < em> не интересуются этими файлами.

~/123/alignment1/alignment1
~/123/alignment2/alignment2
~/456/alignment1/alignment1
~/456/alignment2/alignment2
etc...

Вопрос:

  1. Моя борьба состоит в том, чтобы переименовать папки alignment1 и alignment2 в subdirectory_alignment1 и subdirectory_alignment2 (например, 123_alignment1 и 123_alignment2).

  2. Затем в папках alignment1 и alignment2 файлы выравнивания, названные alignment1 и alignment2 соответственно, необходимо переименовать в subdirectory_1.aln и subdirectory_2.aln.

  3. Переместите subdirectory_1.aln и subdirectory_2.aln в домашний каталог.

Я думаю, что это тесно связано с этим и этот вопрос, но я пытался безуспешно исправляйте ответы в вышеуказанных сообщениях за последние несколько часов.


bash linux rename mv
person Abi    schedule 29.01.2016    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
0
arrow_downward

Пытаемся разбить проблему на мелкие части. Этот фрагмент кода должен найти все вхождения. Возможно, вам стоит что-то изменить в регулярном выражении. \1 будет соответствовать тому, что уже совпало внутри \( и \). mindepth должен найти */*/* и ниже. * здесь важен из-за количества /, которое вы получите в результате.

find * -mindepth 2 -type f | grep '/\([a-z]*[0-9]\)/\1' | while read f; do
  <process>
done

Теперь вы перебираете все интересующие вас файлы. echo "$f" внутри цикла - хорошая идея, прежде чем двигаться дальше.

Если фильтр работает, вот несколько идей, как разбить имя файла на мелкие части:

d1=`cut -d'/' -f1 <<< "$f"`
d2=`cut -d'/' -f2 <<< "$f"`
newName="${d1}/${d1}_${d2}"

А теперь просто несколько простых mv "$from" "$to" здесь и там.

person Joao Morais    schedule 29.01.2016
comment
Извините, но код, похоже, у меня не работает. Я пробовал использовать echo $ f, но совпадений не найдено. Я думаю, что даже find не находит файлы -: .. Я знаю, что здесь я не помогу, так как нет сообщения об ошибке, к которому можно было бы относиться .. Любые мысли? - person Abi; 29.01.2016
comment
@Abi Попробуйте найти только * -mindepth 2 -type f (из корневого каталога вашего поиска), упростите grep. Хитрость здесь в том, чтобы создавать сценарий по частям. - person Joao Morais; 29.01.2016
comment
Итак, вот как далеко я зашел; найти . -name alignment1 | sed 's #. / ([A-Za-z0-9 _-] *) / alignment1 # mv \ 1 / alignment1 \ 1 / \ 1_alignment1 #'. Этот код переименовывает папку alignment1 в subdirectory_alignment1, но, как вы сказали, находит все вхождения alignment1, включая файлы alignment1. Я не могу заставить его распознавать только выравнивание папки1. Вы можете придумать поправку? - person Abi; 29.01.2016
comment
Я использовал выборочные команды, которые он печатает, чтобы переименовать alignment1 в subdirectory_alignment1, НО мне не удалось изменить сценарий для переименования файлов alignment1, теперь в папке subdirectory_alignment1 в subdirectory_alignment1.aln .. Любая идея? - person Abi; 29.01.2016
comment
Дальнейшее развитие; теперь эту командную строку найди. -name alignment1 | sed 's #. / ([A-Za-z0-9] *) / alignment1 # mv \ 1 / alignment1 \ 1 / \ 1.aln #' находит файл alignment1 в subdirectory_alignment1, но часть mv его не работает?? - person Abi; 29.01.2016
comment
@Abi, я думаю, одно решение - egrep '/ (ab) / \ 1', которое будет соответствовать / ab / ab, но не / ab / cd. Не знаю вашего дерева каталогов, но мне кажется, что find -type f (и без -name) | grep - это то, что вам нужно. Более того: вы не можете использовать mv внутри sed; используйте синтаксис | пока читал f; сделать (на мой ответ), чтобы перебрать имена файлов. - person Joao Morais; 29.01.2016