объяснение Java-реализации поразрядной сортировки

Эта radixSort0() не является полной сортировкой по основанию. Если ваша цель — узнать о сортировке по основанию, поищите в другом месте.
В обоих (ненужно дублированных) методах radixSort int[] next используется для создания односвязных списков — с использованием индексов вместо ссылок и -1 вместо нуля. (Вы не можете не просто установить next[some_index_depending_on value] в index[i] — тогда не будет списков.) int[] pointTo, вероятно, будет более описательно называться value. Думайте о next&value как о связанных списках, представленных в экземпляре с двумя элементами данных типа массив, в качестве альтернативы массиву экземпляров с членами next&value. globalPtr - это наименьший индекс, еще не выделенный в этом/этих массивах/ах.

(Кричащее отсутствие комментариев в последующем коде связано с тем, что я не понимаю, почему кто-то должен пытаться создать массив суффиксов, используя это, или какой вклад в эту цель вносят фрагменты кода: не стесняйтесь исправлять и исправлять.)
Даже не думая о тестировании, способ Java справиться с этим может быть

private void radixSortStep(int[]nr) {
    List<Integer> value[] = new List[M];
    for (int i = 0; i < value.length; i++)
        value[i] = new ArrayList<Integer>(0);

    for (int i: indexes)
        value[nr[i]].add(i);

    int ptr = 0;
    for (int i = 0; i < M; i++)
        for (int val: value[i])
            indexes[ptr++] = val;
}

(с небольшим размахиванием руками о M (установить n+1) и nr1 (инициализировать записи, не скопированные из ранга, в n, а не -1))

import java.io.*;
import java.util.*;

public class St {
    public static int calculate(String s){
        char[]arr=s.toCharArray();
        int length=arr.length;
        int count=length;
        for(int i=1;i<length;i++){
            int len=length-i;
            int j=0;
            for(;j<len;j++)
                if(arr[j]!=arr[j+i]){
                    break;
                }
            count+=j;
        }
        return count;
    }
    public static void main(String[] args) {
        Scanner scanner = new Scanner( System.in );
        int n=scanner.nextInt();
        for(int i=0;i<n;i++){
            String s=scanner.next();
            System.out.println(calculate(s));
        }
    }
}

он почти прошел все тестовые случаи, кроме двух последних, из-за тайм-аута, надеюсь, моя работа поможет счастливому кодированию.