Относительный новичок в unix. У меня есть несколько каталогов (Sample*/), в которых я хочу объединить все файлы raw.sort.bam с помощью samtools. У меня есть рабочий код для этого в каждом каталоге, но я хочу работать со всеми каталогами одновременно, запуская код из родительского каталога. Моя проблема в том, что я вынужден вызывать samtools с полным путем, и мне трудно понять, как этот путь будет работать в цикле unix.
Во-первых, вот мой рабочий код для слияния и преобразования из каждого каталога:
/home/user/pathtosamtools/sam merge -o all.sort.bam *raw.sort.bam
Теперь мой НЕрабочий код пытается сделать это для всех каталогов при запуске из родительского каталога:
for f in `ls Sample*/`; do /home/user/pathtosamtools/sam merge -o $f all.sort.bam Sample*/*raw.sort.bam; done
Ошибки:
[bam_merge_core_ext] fail to open file all.sort.bam
[bam_header_read] bgzf_check_EOF: Invalid argument
[bam_header_read] invalid BAM binary header (this is not a BAM file).
Segmentation fault
Заранее спасибо.
