Как перенести выбранные данные из файла с разделителями табуляции

У меня есть входные файлы с 3 столбцами в каждом -

File1 -     SNP    SampleID    Pairs (header)
            rs1     sample1    AG
            rs1     sample2    GT
            rs1     sample3    AG
            rs2     sample1    AG
            rs2     sample2    TT
            rs2     sample3    GG
            rs3     sample1    GG
            rs3     sample2    AG
            rs3     sample3    AG

Ожидаемый выходной файл - вид матрицы со всеми SNP в строке и идентификаторами выборки в столбцах

example:    
     sample1    sample2    sample3 .........
rs1   AG          GT          AG
rs2   AG          TT          GG
rs3   GG          AG          AG

Входной файл разделен табуляцией, а выходной файл также должен быть разделен табуляцией.

Решение может быть на Java. Изменить: я могу прочитать файл, но не знаю, как записать его в другой файл в данном формате.

Заранее спасибо.


java bufferedreader tab-delimited
person Vipul Ranjan    schedule 18.06.2016    source источник
comment
Я не понимаю, в чем ваша проблема, вы не умеете читать файл на Java или Perl? для Java вы можете использовать (Apache common-csv) [commons. apache.org/proper/commons-csv/user-guide.html] lib. Ссылка представляет собой руководство по ее использованию. В вашем случае установите вкладку \t char в качестве разделителя.   -  person Mario Santini    schedule 18.06.2016
comment
Приносим извинения за неточную информацию. Я знаю, как читать файл, разделенный табуляцией, но я не могу понять, как распечатать его в файле, разделенном табуляцией, в заданном формате.   -  person Vipul Ranjan    schedule 18.06.2016

Ответы (1)


arrow_upward
0
arrow_downward

Чтобы распечатать строку, разделенную тегом, посмотрите этот код:

System.out.println(String.format("%s\t%s\t%s", "a", "b","c"));

Вам просто нужно поставить \t в качестве разделителя, поскольку этот символ является tab, когда вы распечатываете свой результат.

Если вы используете StringBuffer для объединения строки, вы можете использовать char вместо строки:

'\t'

И не:

"\t"

Здесь вы можете найти более подробное руководство по чтению / записи файла CSV.

person Mario Santini    schedule 18.06.2016