Институт мозга Аллена - пример обсерватории мозга

Я пытаюсь следовать примеру ноутбука ipython обсерватории мозга.

Однако я застрял при загрузке файла nwb, как показано ниже.

from allensdk.core.brain_observatory_cache import BrainObservatoryCache
boc = BrainObservatoryCache(manifest_file='boc/manifest.json')

data_set = boc.get_ophys_experiment_data(501940850)  # problem here

Итак, я открыл файл nwb с помощью HDFview.

Все файлы обсерватории мозга nwb не открывались, кроме 502376461.nwb.

Он выдал следующую ошибку:

IOError: Unable to open file (Truncated file: eof = 82280448, sblock->base_addr = 0, stored_eoa = 204046519)

Когда я попытался открыть 502376461.nwb в примере ноутбука ipython от allen, это сработало!! Но другие (501940850, 503820068...) не удалось, как указано выше.


python validation neuron-simulator neuroscience allen-sdk
person Hyunsu Lee    schedule 23.08.2016    source источник
comment
Каким образом это не удалось?   -  person Peter Wood    schedule 23.08.2016
comment
Сообщение об ошибке, плз   -  person Justas    schedule 24.08.2016
comment
IOError: невозможно открыть файл (усеченный файл: eof = 82280448, sblock->base_addr = 0, Stored_eoa = 204046519)   -  person Hyunsu Lee    schedule 24.08.2016
comment
Похоже, проблема с поврежденным файлом, github.com/AllenInstitute/AllenSDK/issues/22   -  person Hyunsu Lee    schedule 24.08.2016
comment
Это была проблема загрузки, которая была вызвана слишком большим размером файла nwb и отсутствием процесса проверки, подтверждающего завершение загрузки файлов.   -  person Hyunsu Lee    schedule 25.08.2016

Ответы (1)


arrow_upward
3
arrow_downward

Резюмируя поток с github:

https://github.com/AllenInstitute/AllenSDK/issues/22

Файлы были частично загружены или каким-то образом повреждены. Во время загрузки не было сообщено об исключениях, поэтому urllib, должно быть, не заметил проблемы.

Разработчики AllenSDK изучают какую-то проверку согласованности файлов и/или другую библиотеку HTTP.

https://github.com/AllenInstitute/AllenSDK/issues/28

Если другие столкнутся с этим, вы можете удалить плохой файл и повторно запустить функцию загрузки (BrainObservatoryCache.get_ophys_experiment_data). Файлы загружаются в подкаталог файла манифеста BrainObservatoryCache , который по умолчанию соответствует текущему рабочему каталогу, если он не указан.

person davidf    schedule 06.09.2016