scipy.spatial ValueError при попытке запустить kdtree

Предыстория: я пытаюсь запустить ближайшего соседа, используя функцию cKDtree в шейп-файле, который имеет 201 запись с широтой и долготой по набору данных временного ряда из 8760 часов (общее количество часов в году). Я получаю сообщение об ошибке, естественно, я посмотрел его. Я нашел это: scipy.spatial ValueError: x должен состоять из векторов длины %d, но иметь форму %s, что является той же ошибкой, но мне трудно понять, как именно эта ошибка была устранена.

Рабочий процесс: я вытащил координаты x и y из шейп-файла и сохранил их в отдельных массивах с именами x_vector и y_vector. Данные 8760 представляют собой файл hdf5. Я вытащил координаты с помощью h5_coords = np.vstack([meta['latitude'], meta['longitude']]).T.

Теперь я пытаюсь запустить kdtree,

# Run the kdtree to match nearest values
tree = cKDTree(np.vstack([x_vector, y_vector]))
kdtree_indices = tree.query(h5_coords)[1]

но это приводит к той же ошибке трассировки.

Ошибка отслеживания:

Traceback (most recent call last):
File "meera_extract.py", line 45, in <module>
kdtree_indices = tree.query(h5_coords)[1]
File "scipy/spatial/ckdtree.pyx", line 618, in scipy.spatial.ckdtree.cKDTree.query (scipy/spatial/ckdtree.cxx:6996)
ValueError: x must consist of vectors of length 201 but has shape (1, 389880)

Помогите мне, stackoverflow. Ты моя единственная надежда.


python numpy kdtree
person Nikolai    schedule 01.09.2016    source источник
comment
Каков результат x_vector.shape, y_vector.shape и h5_coords.shape?   -  person Mahdi    schedule 01.09.2016
comment
Вместо того, чтобы передавать np.vstack([...]) в cKDTree, сделайте меньший шаг и используйте points = np.vstack([x_vector, y_vector]). Тогда взгляните на points.shape. Это то, что вы ожидаете?   -  person Warren Weckesser    schedule 01.09.2016
comment
x_vector.shape и y_vector.shape — это (201,), а h5_coords.shape — это (1, 389880).   -  person Nikolai    schedule 01.09.2016
comment
Ах, в таком случае np.vstack([x_vector, y_vector]) имеет форму (2, 201). Это означает, что вы проходите cKDTree всего две точки в 201-мерном пространстве.   -  person Warren Weckesser    schedule 01.09.2016
comment
@WarrenWeckesser Я сделал, как вы предложили, vector_pnts = np.vstack([x_vector, y_vector]). Форма теперь (2, 201). Не знаю, что я ищу...   -  person Nikolai    schedule 01.09.2016
comment
vector_pnts = np.vstack([x_vector, y_vector]).T, разве ты не этого хочешь?   -  person Mahdi    schedule 01.09.2016
comment
Используйте np.column_stack() вместо numpy.vstack().   -  person Warren Weckesser    schedule 01.09.2016
comment
Хорошо, это перевернуто, так что теперь vector_pnts.shape (201, 2), но все еще с той же общей ошибкой.   -  person Nikolai    schedule 01.09.2016
comment
Ошибка теперь ValueError: x must consist of vectors of length 2 but has shape (1, 389880)?   -  person Warren Weckesser    schedule 01.09.2016
comment
@WarrenWeckesser ой, да, он изменился с length 201 на length 2   -  person Nikolai    schedule 01.09.2016
comment
h5_coords не является набором точек в двумерном пространстве. Вы должны исправить, как он создается. Вы говорите, что использовали h5_coords = np.vstack([meta['latitude'], meta['longitude']]).T. Это не создание массива правильной формы. Попробуйте использовать column_stack и не транспонируйте. (Чтобы быть уверенным, нам нужно знать форму meta['latitude'].)   -  person Warren Weckesser    schedule 01.09.2016
comment
Потрясающе, спасибо! meta['latitude'].shape это (194940, 1). Выполнение того, что вы предложили, и использование column_stack без транспонирования сработало. h5_coords.shape теперь (194940, 2) и kdtree совпало. Кажется, я застрял на vstack, но column_stack было то, что нужно. Мне нужно прочитать о разнице между ними!   -  person Nikolai    schedule 01.09.2016

Ответы (1)


arrow_upward
2
arrow_downward

Так что, похоже, мне нужно прочитать о различиях vstack и column_stack и использовании транспонирования, т.е. .T. Если у кого-то такая же проблема, вот что я изменил, чтобы заставить cKDtree работать. Надеюсь, это поможет, если кто-то еще столкнется с этой проблемой. Большое спасибо за комментарии сообщества, которые помогли решить эту проблему!

Я изменил способ ввода координат hdf5 с vstack на column_stack и удалил транспонирование .T.

# Get coordinates of HDF5 file
h5_coords = np.column_stack([meta['latitude'], meta['longitude']])

Вместо того, чтобы пытаться добавить точки в дерево, я создал новую переменную для их хранения:

# combine x and y
vector_pnts = np.column_stack([x_vector, y_vector])

Затем я запустил kdtree без ошибок.

# Run the kdtree to match nearest values
tree = cKDTree(vector_pnts)
kdtree_indices = tree.query(h5_coords)[1]
person Nikolai    schedule 01.09.2016