VMD/NAMD rmsd_residue_over_time возвращает не выбранные атомы

Всякий раз, когда я запускаю функцию rmsd_residue_over_time из сценария residue_rmsd.tcl из учебника UI VMD/NAMD, она возвращает ошибку «атомы не выбраны». В частности, после загрузки моего файла psf и 20000 кадров моего файла dcd я ввожу следующее:

Main‹ (VMD) 80 % set sel_residue [atomselect top "белок и альфа"]
atomselect34
Main‹ (VMD) 81 % rmsd_residue_over_time top $sel_residue
Расчет rmsd для кадра 0 ...
измерение rmsd: атомы не выбраны

Чтобы проверить, что у меня выбраны атомы:

Main‹ (VMD) 82 % $sel_residue get index
4 21 35 46 56 72 89 106 128 147 157 167 186 201 223 234 245 252 259 283 302 309 325 335 354 373 385 399 409 421 435 449 466 485 504 525 549 556 568 583 607 629 641 658 669 680 694 705 727 743 760 770 780 790 800 816 835 857 874 885 900 914 931 953 970 989 1008 1022 1041 1053 1069 1084 953 970 989 1008 1022 1041 1053 1069 1084 953 970 989 1008 1022 1041 1053 1069 1084 953 970 989 1008 1022 1041 1053 10694449 1103 1103 1170 989 1008 1022 1041. 1325 1342 1358 1372 1379 1393 1410 1424 1443 1453 1468. 2040 2059 2071 2095 2109 2124 2135 2149 2168 2182 2196 2206 2227 2239 2246 2260 2272 2296 2308 2322 2336 2352 2364 2388 2398 2415 2425 2442 2456 2475 2499 2516 2535 2549 2568 2575 2592 2602 2621 2628 2643 2657 2674 2698 2708 2725 2744 2760 2774 2798 2817 2839 2846 2860 2874 2888 2895 2905 2915 2926 2945 2969 2979 2986 3007 3019 3033 3044 3068 308 2 3098 3105 3117 3139 3153 3160 3171 3181 3193 3214 3221 3235 3249 3263 3275 3294 3304 3320 3339 3365 3380 3397 3404 3428 3440 3452 3471 3487 3506 3522 3536 3557 3577 3591 3610 3622 3639 3656 3670 3680 3695 3706 3730 3754 3766 3782 3801 3811 3822 3832 3842 3866 3885 3904 3914 3929 3936

Кто-нибудь еще сталкивался с этой ошибкой раньше?


vmd
person C.A.B.    schedule 17.10.2016    source источник

Ответы (2)


arrow_upward
0
arrow_downward

Я не смог решить проблему сам по себе, но загрузив PDB поверх PSF (что не указано в руководстве Университета Иллинойса), я смог заставить его работать должным образом.

person C.A.B.    schedule 02.11.2016
comment
Пожалуйста, используйте опцию редактирования, чтобы обновить информацию о вашем вопросе. - person XuMuK; 08.11.2016

arrow_upward
0
arrow_downward

Запоздало, но может быть полезно другим людям: функция rmsd_residue_over_time из скрипта residue_rmsd.tcl содержит следующие строки:

set ref [atomselect $mol "chain U and resid $r and noh" frame 0]
set comp [atomselect $mol "chain U and resid $r and noh" frame $frame]

И, скорее всего, в вашей структуре нет «цепи U». Просто измените цепочку на соответствующую букву или вообще уберите переключатель цепей.

person Luci    schedule 09.10.2018