Python: использование NiBabel для записи файлов .hdr / .img nifti

Попытка перейти от dicom к nifti с помощью nibabel. ищу способ сохранить заголовок и изображение по отдельности, все остальное я сделал.

nibabel.Nifti1Header имеет функцию write_to, но принимает только fileobj. как передать этому методу экземпляр Nifti1Header с путем к файлу сохранения? говорит, что нужно 2 аргумента, но затем вы указываете путь к строке, и строка не нравится.

Метод nibabel.save принимает матрицу img, affine и заголовок, однако может сохранять только в формате комбинации .nii, который изменяет "волшебный" элемент в словаре заголовка на n + 1 вместо ni1, который требуется для отдельных .hdr / .img

У меня есть готовый заголовок и изображение, просто не могу найти методы для их сохранения.

Спасибо


python dicom nifti
person PatfordS    schedule 31.01.2017    source источник
comment
Добро пожаловать в Stack Overflow! Вы можете сначала совершить экскурсию и узнать Как задать хороший вопрос и создать пример минимального, полного и проверяемого. Так нам будет проще вам помочь   -  person Stephen Rauch    schedule 01.02.2017

Ответы (1)


arrow_upward
2
arrow_downward

Для заинтересованных,

import nibabel as nib


img = nib.Nifti1Image(array, affine, header)

nib.nifti1.save(img, os.getcwd()+'{}'.format(r'\test.img'))

это сохранит отдельные файлы .img и .hdr

person PatfordS    schedule 02.02.2017