Недавно я перешел с Linux на Mac OS. Я установил vmd на эту новую машину. VMD просто загружается без какой-либо молекулы, когда я набираю следующее:
vmd protein.gro
Этот файл * .gro содержит молекулу белка. Я хочу открыть этот файл, как в Linux:
*applicationname filename*
Но это не работает. Запуск молекулы через vmd просто не работает. Я попытался решить эту проблему в Google, но не смог найти правильный ответ. Есть ли кто-нибудь, у кого была такая же проблема, и кто смог ее решить?
VMD - родное приложение для Mac? Если это так, вы сможете использовать open -a /path/to/vmd.app filename.
vmd /path/to/protein.gro или vmd ~/Downloads/protein.gro.
- person Michael Dautermann; 08.04.2017
Думаю, это зависит от самого приложения, но, может быть, попробуйте это. Сначала найдите, где установлено приложение, используя Терминал следующим образом:
which vmd
и вы должны получить к нему путь. Затем используйте такой путь:
open -a /path/to/vmd --args someMolecule.gro
Возможно, немного поздно, но все равно. Вам нужно только добавить строку в ваш файл bash_profile.
Файл bash_profile находится в:
/Users/user-name/.bash_profile
(не забудьте изменить имя пользователя на свое настоящее имя пользователя и обратите внимание на точку в начале имени файла)
внутри файла .bash_profile (или .profile) добавьте:
alias vmd='csh /Applications/VMD\ 1.9.3.app/Contents/MacOS/startup.command.csh'
(для другой версии VMD вам нужно будет изменить номер (1.9.3) в пути к вашей фактической версии VMD). Сохрани и закрой.
После этого просто снова загрузите файл .bash_profile (или .profile), чтобы изменения были включены в вашу оболочку, или просто откройте новое окно терминала.
Теперь вы можете ввести:
vmd my-gro-file.gro
прямо как в линуксе.
vmdи как установили? - person Mark Setchell schedule 08.04.2017