Почему сборка apktool 2.2.2 не работает?

Журналы, которыми вы поделились, показывают, что есть проблема с перекомпиляцией ресурсов, так как именно тогда перекомпиляция останавливается. Если вы ничего не меняете в файле ресурсов или не хотите использовать эти ресурсы, вы можете декомпилировать свой apk с помощью этой команды:

apktool d -f -r myapk.apk

здесь -f, если принудительно заменить ранее декомпилированный apk, и -r, чтобы указать декомпилятору не декомпилировать ресурсы, и как только вы закончите, вы можете нормально перекомпилировать apk.