Обсерватория мозга Аллена — get_stimulus_template не работает со static_gratings

Я анализирую данные эксперимента со стимулом static_gratings. В документации SDK говорится, что функция get_stimulus_template может принимать в качестве аргумента любой стимул, использованный в запрошенном эксперименте. Я вызвал list_stimuli() в эксперименте, чтобы подтвердить, что static_gratings является используемым стимулом.

Когда я запускаю get_stimulus_template('static_gratings'), я получаю эту трассировку/ошибку:

  Traceback (most recent call last):

  File "<ipython-input-46-be84d6ea7546>", line 1, in <module>
    sg_scenes = expData.get_stimulus_template('static_gratings')

  File "/Users/randallellis/anaconda/lib/python2.7/site-packages/allensdk/core/brain_observatory_nwb_data_set.py", line 373, in get_stimulus_template
    image_stack = f['stimulus']['templates'][stim_name]['data'].value

  File "h5py/_objects.pyx", line 54, in h5py._objects.with_phil.wrapper (/Users/ilan/minonda/conda-bld/h5py_1490025880382/work/h5py/_objects.c:2846)

  File "h5py/_objects.pyx", line 55, in h5py._objects.with_phil.wrapper (/Users/ilan/minonda/conda-bld/h5py_1490025880382/work/h5py/_objects.c:2804)

  File "/Users/randallellis/anaconda/lib/python2.7/site-packages/h5py/_hl/group.py", line 169, in __getitem__
    oid = h5o.open(self.id, self._e(name), lapl=self._lapl)

  File "h5py/_objects.pyx", line 54, in h5py._objects.with_phil.wrapper (/Users/ilan/minonda/conda-bld/h5py_1490025880382/work/h5py/_objects.c:2846)

  File "h5py/_objects.pyx", line 55, in h5py._objects.with_phil.wrapper (/Users/ilan/minonda/conda-bld/h5py_1490025880382/work/h5py/_objects.c:2804)

  File "h5py/h5o.pyx", line 190, in h5py.h5o.open (/Users/ilan/minonda/conda-bld/h5py_1490025880382/work/h5py/h5o.c:3740)

KeyError: "Unable to open object (Object 'static_gratings_image_stack' doesn't exist)"

Любая помощь в этом приветствуется.


python allen-sdk
person Randy    schedule 09.05.2017    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
0
arrow_downward

Это странно. Можете ли вы предоставить остальную часть кода, который вы используете для создания expData? Я могу проверить, что-то не так с файлом NWB. Вы также можете попробовать удалить файл NWB и загрузить его повторно, если с вашим файлом что-то не так (например, загрузка не завершена).

Обновление: игнорировать предыдущий ответ -- я неправильно понял ваш вопрос.

Проблема в том, что в настоящее время мы не предоставляем шаблоны для стимулов статических решеток и дрейфующих решеток. Эти стимулы генерируются процедурно с помощью психопии, когда мы предъявляем стимул. Видеть:

https://github.com/AllenInstitute/AllenSDK/issues/24

В настоящее время мы работаем над включением этих методов в AllenSDK, чтобы люди могли создавать их самостоятельно. Естественные фильмы, естественные сцены и локально разреженные шаблоны шума доступны в файле NWB.

person davidf    schedule 17.05.2017