jupyter не использует версию, установленную pyenv

Так что все отлично работало на другой машине. Пришлось заставить его работать на моем рабочем столе. pyenv установлен там с разными версиями. Я только что добавил miniconda3-latest, который хорошо отображается в приглашении (в каталоге ниже есть файл .python-version). Затем запустил pip install pymysql после этого приглашения. Когда я запускаю python сейчас в этом приглашении, он отлично импортирует:

(miniconda3-latest) cardamom@pegasus ~/Desktop/Project $ python
Python 3.6.0 |Continuum Analytics, Inc.| (default, Dec 23 2016, 12:22:00) 
[GCC 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-1)] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import pymysql
>>>

... но если я запущу блокнот jupyter

(miniconda3-latest) cardamom@pegasus ~/Desktop/Project $ jupyter notebook
[I 13:38:28.714 NotebookApp] [nb_conda_kernels] enabled, 2 kernels found
[I 13:38:29.216 NotebookApp] The port 8888 is already in use, trying another port.
[I 13:38:29.224 NotebookApp] [nb_conda] enabled
[I 13:38:29.278 NotebookApp] [nb_anacondacloud] enabled
[I 13:38:29.337 NotebookApp] ✓ nbpresent HTML export ENABLED
[W 13:38:29.337 NotebookApp] ✗ nbpresent PDF export DISABLED: No module named 'nbbrowserpdf'
[I 13:38:29.340 NotebookApp] Serving notebooks from local directory: /home/cardamom/Desktop/Project
[I 13:38:29.340 NotebookApp] 0 active kernels 
[I 13:38:29.341 NotebookApp] The Jupyter Notebook is running at: http://localhost:8889/
[I 13:38:29.341 NotebookApp] Use Control-C to stop this server and shut down all kernels (twice to skip confirmation).

и попробуйте импортировать, я получаю

ImportError                               Traceback (most recent call last)
<ipython-input-1-a4103d9b2333> in <module>()
----> 1 import pymysql

ImportError: No module named 'pymysql'

Как я уже сказал, он отлично работает на другой машине. Кто-нибудь знает, как заставить Jupyter Notebook после запуска правильно подобрать версию, которую pyenv читает из своего файла .python-version?


jupyter-notebook python pyenv
person cardamom    schedule 11.05.2017    source источник
comment
У вас есть 2 ядра в jupyter. Вы выбрали правильный для этого ноутбука?   -  person Maarten Fabré    schedule 11.05.2017
comment
@MaartenFabre спасибо за предложение, я пробовал их оба, и ни один из них не работал, ни один из них, похоже, не содержал модуль pymysql в miniconda-3-latest.   -  person cardamom    schedule 11.05.2017

Ответы (4)


arrow_upward
7
arrow_downward

В то же время я на 90% решил это. Из этой статьи по теме Я нашел этот pyenv, который никогда раньше не пробовал. Итак, вы можете видеть, что есть две вещи, которые можно назвать.

(miniconda3-latest) cardamom@pegasus ~/Desktop/Project $ which jupyter
/home/cardamom/.pyenv/shims/jupyter

(miniconda3-latest) cardamom@pegasus ~/Desktop/Project $ pyenv which jupyter
/home/cardamom/.pyenv/versions/miniconda3-latest/bin/jupyter

Блокнот Jupyter, кажется, вызывает первый, но если я ввожу второй путь со словом «блокнот» после if, он запускается нормально, и доступно только одно ядро, в котором есть мой модуль pymysql:

import sys
print (sys.version)

3.6.0 |Continuum Analytics, Inc.| (default, Dec 23 2016, 12:22:00) 
[GCC 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-1)]

Просто нужно решить, как вызвать это напрямую без всего пути.

Обновление 15.05.17

Ну, я починил, или помог починить сам -

rm -rf /home/cardamom/.pyenv/shims/jupyter*

Затем закрыл и перезапустил терминал.

Конечно, это был не самый чистый способ, надеюсь, он не сломал что-то еще, но теперь, по крайней мере, просто запуск jupyter notebook запускает блокнот, содержащий активное ядро ​​​​в моем каталоге miniconda3-latest. Две команды which, как указано выше, по-прежнему возвращают одно и то же, но теперь, если я перечислю вещи jupyter в первом каталоге:

(miniconda3-latest) cardamom@pegasus ~/Desktop/Project $ ll /home/cardamom/.pyenv/shims/jupyter*
-rwxr-xr-x 1 cardamom cardamom 402 May 15 15:55 /home/cardamom/.pyenv/shims/jupyter*
-rwxr-xr-x 1 cardamom cardamom 402 May 15 15:55 /home/cardamom/.pyenv/shims/jupyter-bundlerextension*
-rwxr-xr-x 1 cardamom cardamom 402 May 15 15:55 /home/cardamom/.pyenv/shims/jupyter-console*
-rwxr-xr-x 1 cardamom cardamom 402 May 15 15:55 /home/cardamom/.pyenv/shims/jupyter-kernelspec*
-rwxr-xr-x 1 cardamom cardamom 402 May 15 15:55 /home/cardamom/.pyenv/shims/jupyter-migrate*
-rwxr-xr-x 1 cardamom cardamom 402 May 15 15:55 /home/cardamom/.pyenv/shims/jupyter-nbconvert*
-rwxr-xr-x 1 cardamom cardamom 402 May 15 15:55 /home/cardamom/.pyenv/shims/jupyter-nbextension*
-rwxr-xr-x 1 cardamom cardamom 402 May 15 15:55 /home/cardamom/.pyenv/shims/jupyter-notebook*
-rwxr-xr-x 1 cardamom cardamom 402 May 15 15:55 /home/cardamom/.pyenv/shims/jupyter-qtconsole*
-rwxr-xr-x 1 cardamom cardamom 402 May 15 15:55 /home/cardamom/.pyenv/shims/jupyter-run*
-rwxr-xr-x 1 cardamom cardamom 402 May 15 15:55 /home/cardamom/.pyenv/shims/jupyter-serverextension*
-rwxr-xr-x 1 cardamom cardamom 402 May 15 15:55 /home/cardamom/.pyenv/shims/jupyter-troubleshoot*
-rwxr-xr-x 1 cardamom cardamom 402 May 15 15:55 /home/cardamom/.pyenv/shims/jupyter-trust*
(miniconda3-latest) cardamom@pegasus ~/Desktop/Project $

...вы можете видеть, что все эти файлы только что воссоздали себя всего несколько минут назад.

person cardamom    schedule 11.05.2017
comment
вы также можете зарегистрировать ядро ​​​​в своей среде jupyter с помощью этого ответа - person Maarten Fabré; 11.05.2017

arrow_upward
5
arrow_downward

Я нашел эту суть, которая довольно проста:

#!/bin/sh

if [ "$PYENV_VERSION" -ne "" ]
then
    name=`pyenv version-name`
    python=`pyenv which python`
else
    name=`basename "$VIRTUAL_ENV"`
    python="$VIRTUALENV/bin/python"
fi
jupyterdir=$(jupyter --data-dir)
kerneldir="${jupyterdir}/kernels/${name}"

echo "Installing jupyter kernel file $name for $python to $kerneldir ..."

pip install ipykernel
mkdir -p "$kerneldir"
cat > "$kerneldir"/kernel.json <<EOF
{
    "argv": [ "$python", "-m", "ipykernel", "-f", "{connection_file}" ],
    "display_name": "$name", 
    "language": "python"
}
EOF

cat "$kerneldir"/kernel.json

Как только я понял, что там происходит, я установил плагин pyenv pyenv-jupyter-kernel и мне это очень нравится.

Шаг 3 из этого блога было довольно информативно, хотя я не следовал инструкциям. Я прочитал их и понял другой взгляд на эту суть. Всегда полезно выслушать несколько мнений, прежде чем слепо копировать пасту. Там много устаревших инструкций!

person Bruno Bronosky    schedule 28.03.2020

arrow_upward
0
arrow_downward

Пожалуйста, проверьте, какую версию python использует ядро ​​ноутбука. В большинстве случаев эта ошибка возникает из-за библиотеки, установленной для python3, а работающая версия ядра ноутбука может быть Python2.

person sakthirengaraj    schedule 11.05.2017

arrow_upward
0
arrow_downward

Проверьте, указана ли конкретная версия python в .local/share/jupyter/kernels/python3/kernel.json. Удаление этого файла помогло мне jupyter-notebook использовать версию Python, установленную с помощью pyenv.

person Felix Crazzolara    schedule 14.02.2020