Используя Beyond Compare 3, как создать отчет, сравнивающий две заданные папки и показывающий, сколько строк было изменено в каждом файле с помощью сценария

Используйте команду сценария file-report.

load c:\folder1 c:\folder2
expand all
select all.files
file-report layout:summary output-to:c:\out.txt

Для запуска скрипта используйте командную строку:

bcompare.exe @c:\script.txt

Использованная литература:

Справка Beyond Compare — скрипты

Справка Beyond Compare — Справочник по сценариям