У меня есть 10 файлов fasta (каждый файл с 20 последовательностями генов из каждого из 10 образцов). Я хотел бы создать 20 файлов, специфичных для каждого гена, из 10 образцов. Я поступил следующим образом, чтобы извлечь гены с именем файла в заголовке:
pyfasta extract --header --fasta test.fasta gene_name1 | awk '/^>/ {$0=$0 "_file1"}1' > gene_name1.fasta
Мне удалось создать несколько файлов fasta для каждого гена из каждого образца (часть цикла):
pyfasta extract --header --fasta $sample.fasta gene_name1 >> gene_name1.fasta
pyfasta extract --header --fasta $sample.fasta gene_name2 >> gene_name2.fasta
Но я не могу добавить имя_файла в заголовок файлов в цикле (но могу сделать это для 1 файла, как указано в начале).
В целом, моя цель состоит в том, чтобы извлечь гены с похожим именем гена из всех файлов fasta (многострочные) и создать файлы fasta для конкретных генов с обновленным заголовком, включая имя гена и имя файла (чтобы я знал, из какого файла этот ген был получен). ) + добавьте последовательности генов в файл с этим именем гена. Вот примеры входных и выходных файлов:
Input files:
#file1.fasta
>gene1
ATGC..............................max upto 120 characters per line
TTTG..............................................................
>gene2
ATGA
>gene3
ATGTTT
#file2.fasta
>gene1
ATGG
>gene2
ATGC
>gene3
ATGTT
Expected output files:
#gene1.fasta
>gene1_file1
ATGC...........................................................
TTTG...........................................................
>gene1_file2
ATGG
#gene2.fasta
>gene2_file1
ATGA
>gene2_file2
ATGC
Пожалуйста, руководство. Спасибо.
