Я дам более общий ответ, чтобы помочь другим, кто может найти эту ветку. Snakemake применяет подстановочные знаки к строкам в разделах «ввод» и «вывод» только тогда, когда строки указаны непосредственно в списке, например:

input:
    '{sample}.bam'

Если вы пытаетесь использовать такие функции, как были здесь:

input:
    read_groups=identify_read_groups('cram/{sample}.bam.cram')

Замена подстановочного знака не производится. Вы можете использовать лямбда-функцию и произвести замену самостоятельно:

input:
    read_groups=lambda wildcards: identify_read_groups('cram/{sample}.bam.cram'.format(sample=wildcards.sample))

попробуйте следующее: я использую id = 0, 1, 2, 3, чтобы назвать выходной файл BAM в зависимости от того, сколько групп чтения для файла BAM.

## this is a regular function which takes the cram file, and get the read-group to 
## construct your rule all
## you actually just need the number of @RG, below can be simplified  
def get_read_groups(sample):
    import subprocess
    cram_file = 'cram/' + sample + '.bam.cram'
    command = 'samtools view -H ' + cram_file + ' | grep ^@RG | cut -f2 | cut -f2 -d":" '
    read_groups = subprocess.check_output(command, shell=True)
    read_groups = read_groups.decode().split('\n')[:-1]
    return(read_groups)

SAMPLES, = glob_wildcards(join('cram/', '{sample}.bam.cram'))
RG_dict = {}
for sample in SAMPLES:
    RG_dict[sample] = get_read_groups(sample)

outbam = []
for sample in SAMPLES:
    read_groups = RG_dict[sample]
    for i in range(len(read_groups)):
        outbam.append("{}.RG{}.bam".format(sample, id))


rule all:
    input:
        outbam

## this is the input function, only uses wildcards as argument 
def identify_read_groups(wildcards):
    import subprocess
    cram_file = 'cram/' + wildcards.sample + '.bam.cram'
    command = 'samtools view -H ' + cram_file + ' | grep ^@RG | cut -f2 | cut -f2 -d":" '
    read_groups = subprocess.check_output(command, shell=True)
    read_groups = read_groups.decode().split('\n')[:-1]
    return(read_groups[wildcards.id])

rule split_cram_by_rg:
    input:
        cram_file='cram/{sample}.bam.cram',
        read_groups=identify_read_groups
    output:
        'cram/RG_bams/{sample}.RG{id}.bam'  
    run:
        import subprocess
        read_groups = input.read_groups
        for rg in read_groups:
            command = 'samtools view -b -r ' + str(rg) + ' ' + str(input.cram_file) + ' > ' + str(output)
            subprocess.check_output(command, shell=True)

при использовании змеимейка думайте снизу вверх. Сначала определите, что вы хотите сгенерировать в правиле all, а затем создайте правило, чтобы создать свое окончательное все.

В вашем правиле all не должно быть подстановочных знаков. Это не подстановочная зона.

ИЗМЕНИТЬ 1

Я набрал этот псевдокод в Notepad ++, он не предназначен для компиляции, а просто пытается предоставить фреймворк. Я думаю, это больше то, что вам нужно.

Используйте функцию внутри расширения, чтобы сгенерировать список имен файлов, который затем будет использоваться для управления всем правилом конвейера Snakemake. Переменные baseSuffix и basePrefix предназначены только для того, чтобы дать вам представление о передаче String, здесь разрешены аргументы. При передаче списка строк вам нужно будет распаковать их, чтобы Snakemake правильно прочитал результат.

def getSampleFileList(String basePrefix, String baseSuffix){
    myFileList = []
    ListOfSamples = *The wildcard glob call*
    for sample in ListOfSamples:
        command = "samtools -h " + sample + "SAME CALL USED TO GENERATE LIST OF HEADERS"
        for rg in command:
            myFileList.append(basePrefix + sample + ".RG" + rg + baseSuffix)
}


basePreix = "cram/RG_bams/"
baseSuffix = ".bam" 

rule all:
    input:
        unpack(expand("{fileName}", fileName=getSampleFileList(basePrefix, baseSuffix)))


rule processing_rg_files:
    input:
        'cram/RG_bams/{sample}.RG{read_groups}.bam'
    output:
        'cram/RG_TXTs/{sample}.RG{read_groups}.txt'
    run:
        "Let's pretend this is useful code"

КОНЕЦ РЕДАКТИРОВАНИЯ

Если бы этого не было во всем правиле, вы бы использовали встроенные функции

Так что я не уверен, чего вы пытаетесь достичь. В соответствии с моими предположениями, прочтите ниже некоторые заметки о вашем коде.

rule all:
input:
    expand('cram/RG_bams/{sample}.RG{read_groups}.bam', read_groups=identify_read_groups('cram/{sample}.bam.cram'))

Пробный прогон завершается ошибкой, когда он вызывает функцию "identify_read_groups" внутри правила all call. Он передается в ваш вызов функции как строка, а не подстановочный знак.

Технически, если вызов samtools не завершился ошибкой, а вызов функции «identify_read_groups (cram_file)» вернул список из 5 строк, он расширился бы до чего-то вроде этого:

rule all:
    input:
        'cram/RG_bams/{sample}.RG<output1FromFunctionCall>.bam',
        'cram/RG_bams/{sample}.RG<output2FromFunctionCall>.bam',
        'cram/RG_bams/{sample}.RG<output3FromFunctionCall>.bam',
        'cram/RG_bams/{sample}.RG<output4FromFunctionCall>.bam',
        'cram/RG_bams/{sample}.RG<output5FromFunctionCall>.bam'

Но термин "{образец}" на данном этапе предварительной обработки Snakemake считается строкой. Поскольку вам нужно обозначить подстановочные знаки в функции расширения с помощью {{}}.

Посмотрите, как я обращаюсь к каждой переменной Snakemake, которую я объявляю для своего правила всем входным вызовом и не использую подстановочные знаки:

expand("{outputDIR}/{pathGVCFT}/tables/{samples}.{vcfProgram}.{form[1][varType]}{form[1][annotated]}.txt", outputDIR=config["outputDIR"], pathGVCFT=config["vcfGenUtil_varScanDIR"], samples=config["sample"], vcfProgram=config["vcfProgram"], form=read_table(StringIO(config["sampleFORM"]), " ").iterrows())

В этом случае read_table возвращает в форму 2-мерный массив. Snakemake хорошо поддерживается питоном. Мне это понадобилось для объединения разных аннотаций с разными типами вариантов.

Все ваше правило должно быть строкой или списком строк в качестве входных данных. У вас не может быть подстановочных знаков в вашем правиле «все». Это правило: все входные строки - это то, что Snakemake использует для генерации совпадений для ДРУГИХ подстановочных знаков. Создайте полное имя файла в вызове функции и верните его, если вам нужно.

Думаю, вам стоит просто превратить это в что-то вроде этого:

rule all:
input:
    expand("{fileName}", fileName=myFunctionCall(BecauseINeededToPass, ACoupleArgs))

Также подумайте о том, чтобы сделать это более общим:

rule split_cram_by_rg:
    input:
        cram_file='cram/{sample}.bam.cram',
        read_groups=identify_read_groups('cram/{sample}.bam.cram')

Он может иметь два или более подстановочных знака (почему мы любим Snakemake). Вы можете получить доступ к подстановочным знакам позже в директиве python «run» через объект подстановочных знаков, так как похоже, что вы захотите использовать их для каждого цикла. Я думаю, что подстановочные знаки ввода и вывода должны совпадать, так что, может быть, попробуйте и так.

rule split_cram_by_rg:
    input:
        'cram/{sample}.bam.cram'
    output:
        expand('cram/RG_bams/{{sample}}.RG{read_groups}.bam', read_groups=myFunctionCall(BecauseINeededToPass, ACoupleArgs))
    ...
    params:
          rg=myFunctionCall(BecauseINeededToPass, ACoupleArgs)
    run:
        command = 'Just an example ' +  + str(params.rg)

Опять же, не очень уверен, что вы пытаетесь сделать, я не уверен, что мне нравится идея вызова функции дважды, но эй, она будет работать; P Также обратите внимание на использование подстановочного знака «образец» во входной директиве в строке {} и в директиве вывода в расширении {{}}.

Пример доступа к подстановочным знакам в вашей директиве запуска

Пример вызовов функций в местах, о которых вы даже не догадывались. Я взял поля VCF, но это могло быть что угодно. Я использую здесь внешний файл конфигурации.