Как отдельно получить координаты X, Y или Z из файла pdb

У меня есть файл PDB '1abz' (https://files.rcsb.org/view/1ABZ.pdb), который содержит координаты структуры белка. Пожалуйста, не обращайте внимания на строки примечаний к заголовку, интересная информация начинается со строки 276, в которой говорится «МОДЕЛЬ 1».

Я хотел бы отдельно получить координаты X, Y или Z из файла pdb.

Эта ссылка объясняет номера столбцов файла pdb: http://cupnet.net/pdb-format/

Это код, который у меня есть, но я получил сообщение об ошибке.

from Bio import PDB

parser = PDB.PDBParser()
io = PDB.PDBIO()
struct = parser.get_structure('1abz','1abz.pdb')

for model in struct:
    for chain in model:
        for residue in chain:
            for atom in residue:
                XYZ = atom.get_coord()
                for line in XYZ:
                    x_coord = float(line[30:38].strip())
                    y_coord = float(line[38:46].strip())
                    z_coord = float(line[46:54].strip())
                    print x_coord
                    print y_coord
                    print z_coord

python biopython protein-database
person Cave    schedule 15.12.2017    source источник
comment
Пожалуйста, опубликуйте сообщение об ошибке - отформатируйте его как код   -  person wwii    schedule 15.12.2017
comment
Преимущество парсера BioPythons PDB в том, что вы получаете объект Python. Вам не нужно парсить информацию самостоятельно, т.е. line[30:38] сделает BioPython и запишет в координате x.   -  person Maximilian Peters    schedule 15.12.2017

Ответы (2)


arrow_upward
2
arrow_downward 

>>> Bio.__version__
'1.69'

from Bio import PDB

parser = PDB.PDBParser()
io = PDB.PDBIO()
struct = parser.get_structure('1ABZ','1ABZ.pdb')

for model in struct:
    for chain in model:
        for residue in chain:
            for atom in residue:
                x,y,z = atom.get_coord()
                print(x,y,z)

Результат:

15.254 -0.607 3.211
16.429 -0.874 3.019
14.337 -1.034 2.53
14.908 0.287 4.404
13.772 1.237 4.018
12.591 1.037 4.971
11.729 0.213 4.737
15.778 0.862 4.685
14.596 -0.326 5.237
13.458 1.028 3.007
14.118 2.259 4.084
...
person Kinght 金    schedule 15.12.2017

arrow_upward
2
arrow_downward

Следует сделать то же самое, что и выше.

    import mdtraj as md 
    pdbfile='1ABZ.pdb'
    traj=md.load_pdb(pdbfile)
    print traj.xyz[0]
person sridharn    schedule 14.02.2018