Snakemake: как эффективно использовать файл конфигурации

Я использую следующий формат файла конфигурации в snakemake для некоторой практики анализа последовательности (у меня есть множество образцов, каждый из которых содержит 2 файла fastq:

samples:
Sample1_XY:
    - fastq_files/SRR4356728_1.fastq.gz
    - fastq_files/SRR4356728_2.fastq.gz
Sample2_AB:
    - fastq_files/SRR6257171_1.fastq.gz
    - fastq_files/SRR6257171_2.fastq.gz 

Я использую следующие правила в начале моего конвейера для запуска fastqc и для выравнивания файлов fastqc:

import os
# read config info into this namespace
configfile: "config.yaml"

rule all:
    input:
    expand("FastQC/{sample}_fastqc.zip", sample=config["samples"]),
    expand("bam_files/{sample}.bam", sample=config["samples"]),
    "FastQC/fastq_multiqc.html"

rule fastqc:
    input:
        sample=lambda wildcards: config['samples'][wildcards.sample]
    output:
        # Output needs to end in '_fastqc.html' for multiqc to work
        html="FastQC/{sample}_fastqc.html",
        zip="FastQC/{sample}_fastqc.zip"
    params: ""
        wrapper:
        "0.21.0/bio/fastqc"

rule bowtie2:
    input:
         sample=lambda wildcards: config['samples'][wildcards.sample]
    output:
         "bam_files/{sample}.bam"
    log:
         "logs/bowtie2/{sample}.txt"
    params:
         index=config["index"],  # prefix of reference genome index (built with bowtie2-build),
    extra=""
         threads: 8
    wrapper:
         "0.21.0/bio/bowtie2/align"

 rule multiqc_fastq:
    input:
         expand("FastQC/{sample}_fastqc.html", sample=config["samples"])
    output:
         "FastQC/fastq_multiqc.html"
    params:
    log:
         "logs/multiqc.log"
    wrapper:
         "0.21.0/bio/multiqc"

Моя проблема связана с правилом fastqc.

В настоящее время и правило fastqc, и правило bowtie2 создают один выходной файл, сгенерированный с использованием двух входов SRRXXXXXXX_1.fastq.gz и SRRXXXXXXX_2.fastq.gz.

Мне нужно правило fastq для создания двух файлов, отдельного для каждого из файлов fastq.gz, но я не уверен, как правильно проиндексировать файл конфигурации из оператора ввода правила fastqc или как объединить команды расширения и подстановочные знаки для решения это. Я могу получить отдельный файл fastq, добавив [0] или [1] в конец оператора ввода, но не оба запускаются индивидуально / по отдельности.

Я возился, пытаясь получить правильный формат индексации для доступа к каждому файлу отдельно. Текущий формат - единственный, который мне удалось использовать, который позволяет snakemake -np создавать список заданий.

Будем признательны за любые советы.