Печать упрощенного графика DAG с помощью snakemake

У меня длинный рабочий процесс snakemake, обрабатывающий 9 образцов с множеством параллельных правил. Когда я создаю изображение для DAG с помощью:

snakemake --forceall --dag | dot -Tpdf > dag.pdf

полученный график dag огромен и очень избыточен (и уродлив из-за сложного размещения узлов).

Можно ли создать канонический график dag, который будет отображать не 9 узлов для каждой задачи, а только основной путь через все шаги?

Я подумал, что можно упростить свой список образцов до одного образца, но надеюсь, что есть лучший метод, не касаясь файла snakefile (секретные параметры?)

Спасибо


person splaisan    schedule 13.11.2018    source источник


Ответы (1)


Используйте флаг --rulegraph вместо --dag.

person The Unfun Cat    schedule 13.11.2018
comment
никогда не пересекал это в моих чтениях по созданию змеи (очевидно, все еще недостаточно). СПАСИБО ВАМ - person splaisan; 14.11.2018